أولى مهام المجلس الاستشاري وضع مشروعي انتخاب الرئيس وتشكيل لجنة وضع الدستور لاحت بوادر مواجهة بين المجلس العسكري الحاكم في مصر وجماعة الاخوان المسلمين التي حصلت على أكبر نسبة مقاعد في المرحلة الاولى لانتخابات مجلس الشعب حول الدستور الجديد للبلاد وصلاحيات البرلمان المقبل. وتجاهل المجلس الأعلى للقوات المسلحة احتجاجات الاخوان المسلمين على تدخل أي "هيئة غير منتخبة" في إعداد الدستور وأصدر قرارا مساء الخميس بتشكيل مجلس استشاري من 30 عضوا لتكون أولى مهامه وضع مشروعي قانون بشأن انتخابات رئاسة الجمهورية و"اجراءات تشكيل الجمعية التأسيسية التي ستقوم باعداد دستور جديد للبلاد". وكان اللواء مختار الملا عضو المجلس العسكري قد صرح الخميس بأن البرلمان لن تكون له الكلمة العليا في اختيار أعضاء اللجنة التي ستكلف اعداد دستور جديد للبلاد. وبعد ساعات من هذه التصريحات أعلن حزب الحرية والعدالة المنبثق عن جماعة الاخوان المسلمين انسحابه من الاجتماعات المستمرة منذ قرابة اسبوعين مع اعضاء من المجلس العسكري بغرض تشكيل المجلس الاستشاري و"سحب ممثليه في المجلس الاستشاري". وذكر بيان صادر عن المجلس العسكري مساء الخميس أن " المشير حسين طنطاوي أصدر قرارا بانشاء مجلس استشاري يعاون المجلس العسكري خلال ادارته لشؤون البلاد فى المدة الباقية من المرحلة الانتقالية حتى اتمام انتخاب رئيس الجمهورية ". وأوضح البيان أن "اعمال المجلس الاستشاري ستبدأ بمناقشة مشروعي قانوني انتخاب رئيس الجمهورية والاجراءات الخاصة بتشكيل الجمعية التأسيسية لاعداد دستور جديد للبلاد". ويضم المجلس الاستشاري اثنين من المرشحين لرئاسة الجمهورية هما عمرو موسى وسليم العوا إضافة الى العديد من اساتذة الجامعات وممثلي بعض الاحزاب السياسية من بينهم مؤسس حزب المصريين الاحرار نجيب ساويرس. وقبيل صدور قرار المجلس العسكري، أكد القيادي في حزب الحرية والعدالة محمد البلتاجي ان قرار الحزب بالانسحاب من المجلس الاستشاري جاء "بعد تصريحات اللواء مختار الملا" عضو المجلس العسكري التي اكد فيها ان الدستور الجديد للبلاد يجب ان يقر من قبل الحكومة ومن قبل المجلس الاستشاري.
