أصدرت مصلحة الضرائب تعليمات تفسيرية رقم 3 لسنة 2016 تسمح بخصم الضريبة الإضافية التي فرضت علي كل من يتجاوز دخله السنوي مليون جنيه- من وعاء ضريبة الدخل علي الأرباح التجارية والصناعية. وأشارت التعليمات التي جاءت ردا علي استفسار بعض الجهات عن مدي جواز خصم الضريبة الإضافية من وعاء ضريبة الدخل، إلي وضع عدد من الضوابط لتنظيم عملية الخصم أولها أن يكون الممول هو المتحمل لعبء الضريبة الإضافية وان تكون هذه المبالغ التي تم سدادها وفاءا بالضريبة الإضافية تتعلق بذات العام الذي يجري محاسبة الممول عنه ضريبيا. وأكدت أن سبب خصم هذه الضريبة الإضافية التي تم إلغائها، يرجع إلي أن قانون ضريبة الدخل رقم 91 لسنة 2005 نص في مادته رقم 23 علي انه يعد من التكاليف واجبة الخصم" الرسوم والضرائب التي تتحملها المنشأة عدا الضريبة التي تؤديها طبقا لقانون ضريبة الدخل"، وبما أن الضريبة الإضافية تقررت بموجب القرار بقانون رقم 44 لسنة 2014 كضريبة سنوية إضافية يؤديها مباشرة كل ممول أو منشأة يتجاوز دخلها السنوي المليون جنيه الأمر الذي يسمح لمؤديها بخصمها من وعاء ضريبة الدخل تطبيقا لنص المادة 23 من قانون ضريبة الدخل. وأضافت التعليمات أن أصحاب المهن الحرة والمهن غير التجارية سيستفيدون أيضا بخصم الضريبة الإضافية من وعاء ضريبة الدخل المستحقة عليهم حيث أن الضريبة المقررة علي النشاط المهني أو غير التجاري تؤدي بمناسبة مباشرة الممول لمهنته الحرة أو نشاطه غير التجاري فإذا أدي كذلك ضريبة أضافية فانه يصبح بذلك من حقه اعتبارها من التكاليف واجبة الخصم. وحول سبب اشتراط أن تتعلق الضريبة الإضافية بذات سنة المحاسبة أوضحت التعليمات أن ذلك يرجع لمبدأ استقلال السنوات الضريبية وهو ما أكده حكم محكمة النقض في الطعن رقم 1448 لسنة 72 قضائية بجلسة 24 ديسمبر من عام 2002 حيث أكد هذا الحكم ان كل سنة مالية للمنشأة الخاضعة للضريبة تعتبر وحدة قائمة بذاتها ومستقلة عن غيرها من السنوات عملا بمبدأ سنوية الضريبة. وأشارت مصلحة الضرائب إلي أن هذه التعليمات تم تعميمها علي جميع المناطق الضريبية والإدارة المركزية للتوجيه والرقابة والإدارات التابعة لها لمراعاة تنفيذ المأموريات الضريبية المختلفة لهذه التعليمات.
