أقام وائل السعيد المحامي دعوى قضائية أمام القضاء الإداري وكيلا عن المهندس حمدي الفخراني عضو مجلس الشعب ومحمد صبري أستاذ الكيمياء بجامعه النيل، ضد رئيس الوزراء ووزير التعليم العالي ورئيس مجلس إدارة المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجي ورئيس هيئة المجتمعات العمرانيه الجديدة ورئيس جامعة النيل. وطالب السعيد في دعواه، ببطلان قرارات رئيس مجلس الوزراء الصادرة بخصوص نقل الإشراف الإداري على أرض ومباني وتجهيزات وتبرعات جامعة النيل إلى صندوق تطوير التعليم واستخدام مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا للمباني والمنشآت المقام على الأراضي التي خصصت من هيئة المجتمعات العمرانية لوزارة الاتصالات لبناء جامعة النيل عليها. أكد السعيد فى دعواه التي قيدت برقم (32349) قضاء إداري، أنه لا يوجد أى سند قانونى يسوغ نزع أرض ومبان ومعامل وتجهيزات وأموال جامعة النيل، بل ولا يوجد أي مبرر منطقي أو عقلانى لذلك، مشيرا إلى أن حسن إدارة أصول البلاد كان - وما زال - يوجب الإبقاء على جامعة النيل ككيان اكتمل وعمل وأعطى ثماره، وإقامة ما يماثله أو هو أكبر منه لصالح نهضة الوطن. وشملت عريضة الدعوى أدلة -وصفتها بالدامغة- على عدم مشروعية ما تم اتخاذه حيال جامعة النيل فى عهدي الفريق أحمد شفيق والدكتور عصام شرف، رئيسي مجلس الوزراء السابقين، مشيرة إلى أن كل القرارات التى تم اتخاذها للقضاء ظلما على هذا الكيان تمت فى فترة دولة بلا رئيس وعبر استخدام التليفون والتوجيهات، ومع ذلك شاء الله أن يرتكب متخذو تلك القرارات أخطاء قانونية فادحة حتى يظهر الحق. وقال السعيد في دعواه إنه قد تم إشهار المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجي برقم 1777 في 25 -2 -2003 بمحافظة الجيزة وفقا لأحكام القانون 84 لسنة 2002 ومنحت صفة النفع العام سنة 2004 وحدد لها ميدان عمل وحيد وهو الخدمات الثقافيه والعلمية وصولا إلى تحقيق أهدافها وعلى رأسها إنشاء الجامعه التكنولوجيه المصرية جامعه أهلية، لا تهدف للربح ومقرها السادس من أكتوبر، ونفاذا لذلك قامت هيئة المجتمعات في 4 أكتوبر2003 بتخصيص قطعة أرض بمساحة 127.023 فدان بمحور كريزي ووتر بمدينة الشيخ زايد لوزارة الاتصالات لإقامة جامعة النيل. ثم صدر قرار رئيس مجلس الوزراء عام 2006 بالموافقة على التخصيص الممنوح من وزارة الاتصالات للمؤسسة بتخصيص قطعة أرض لأنشاء الجامعة لمدة عشرين عاما، كما حصلت المؤسسة المصرية للتعليم والتطويرالتكنولوجي على قرار رئيس الجمهورية بإنشاء جامعة النيل، وقد نص القرار على أن الجامعة لا تهدف للربح وتكون لها الشخصية الاعتبارية ومقرها الجيزة، وأن يمثلها أمام القضاء رئيس الجامعة. وحسب الدعوى فقد تولت وزارة الاتصالات بناء الجامعة بتكلفه 400 مليون جنيه و قبل ثورة 25 يناير بخمسة أيام وافق مجلس الجامعات الخاصة و الأهلية على تحويل جامعة النيل إلى جامعة أهلية، وصدر قرار مجلس أمناء المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجي بالموافقة على التنازل بصورة نهائية وغير مشروطة من حق الانتفاع لصالح وزارة الاتصالات، وبتاريخ 19 -2 - 2011 بعد تنحي مبارك صدر قرار رئيس مجلس الوزراء رقم 305 لسنة 2011 بالموافقة على قبول التنازل وصدر قرار من المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجي بالتنازل عن التجهيزات التي تمت و قيمتها 40 مليون جنيه، بالإضافه إلى ما تبقى من تبرعات، وصدر قرار رئيس مجلس الوزراء الدكتور عصام شرف في ذلك الوقت بنقل الإشراف الإداري على أرض ومباني و تجهيزات وتبرعات جامعة النيل إلى صندوق تطوير التعليم وقرار وزاري آخر بالموافقة على استخدام مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا للمباني والمنشآت المقامة على الأراضي التي خصصت لوزارة الاتصالات. وأشارت صحيفة الدعوى الى أن القرارات الوزارية التي صدرت بخصوص الجامعة لم تنص على التنازل عن المباني والمنشآت التي أقامتها وزارة الاتصالات لجامعة النيل والتي تكلفت 400 مليون جنيه.
