وصت لجنة الحقوق والحريات والواجبات العامة في مؤتمر الوفاق القومي برئاسة الدكتور حسن سند بإضافة اقتراحات علي المادة(40) من الدستور بما يحقق مزيدا من المساواة بين المواطنين في الحقوق والواجبات العامة بحيث لا يكون هناك تمييز بينهم في ذلك بسبب الجنس أو الأصل أو اللغة أو الدين العقيدة أو العمل أو الحالة الشخصية أو الاجتماعية. وقد أكدت المناقشات التي عقدت بمقر مجلس الشعب في هذا الشأن أهمية أن تكون هناك آلية تكفل ضمان تحقيق نصوص الدستور علي أرض الواقع ولا يحدث أي التفاف حولها كما كان يحدث في السابق, حيث كان التمييز واضحا في تولي بعض المناصب حيث كانت الأفضلية لأهل الثقة علي الكفاءة مخالفة صارخة للدستور أدت إلي تفاقم الشعور بالظلم. وفي لجنة النظام الانتخابي بالمؤتمر طالب الأعضاء بحرمان أعضاء الحزب الوطني السابق علي جميع المستويات من العمل السياسي في المرحلة المقبلة ومنعهم من ممارسة أي نشاط سياسي علي جميع المستويات. من ناحية أخري شن الدكتور محمود أبوزيد وزير الري والموارد المائية الاسبق هجوما عنيفا علي مؤسسة الرئاسة في النظام السابق لتكبره وتعاليه في التعامل مع دول حوض النيل والذي أضر بالعلاقات مع هذه الدول وبمصالح مصر المائية. وقال أبوزيد أمام لجنة القوات المسلحة في المؤتمر إن هذه الدول فقيرة وتحتاج إلي دعم ومساعدات لتنفيذ مشروعاتها, مؤكدا أن التعالي عليهم ووصول التعالي إلي مؤسسة الرئاسة الفاسدة. أدي إلي تدخل دول خارجية ومنها إسرائيل في حوض النيل وتقديم تمويل لهذه الدول لإقامة مشروعاتها وتشجيعها علي بيع المياه. وأكد أبو زيد أن هذه الدول ستنفذ هذه المشروعات ودعا إلي ضرورة عقد اتفاقيات ثنائية مع إثيوبيا وجنوب السودان لضمان حصتنا من المياه والحصول علي زيادة. وأوضح أبوزيد أن سد الألفية الإثيوبي لايؤثر علي مصر إذا اقتصر علي إنتاج الكهرباء, لافتا إلي أن الخطورة تكمن في إقامة مشروعات صناعية وتخزين المياه. وأشاد أبوزيد بوفد الدبلوماسية الشعبية خلال الزيارة لبعض دول حوض النيل والحصول علي تعهدات من الحكومة الإثيوبية بوقف التصديق علي وعدم استغلال سد الألفية في الزراعة. وشدد أبوزيد علي ضرورة التحقق من هذه التطمينات عن طريق الأقمار الصناعية, ودعا إلي عقد شراكة مع إثيوبيا في البقاء والإدارة ووضع خطة وآليات مصرية بعيدة المدي للموارد المائية.. وكشف أبوزيد عن أن الخلافات علي هذه المشروعات وراء خروجه من الوزارة, مشيرا إلي أن فشل وتعثر مشروع توشكي وراءه أسباب سياسية وليس مشكلة تمويل, وقال إن حكومة الدكتور أحمد نظيف هاجمت هذا المشروع بشراسة وقالت عنه إنه مشروع فاشل لأنه من إنجازات الدكتور كمال الجنزوري. وأضاف أن معظم وزراء حكومة نظيف كان هدفهم التشهير بتوشكي, كما أشار إلي رفض حكومة نظيف اقتراحه باعتماد50 مليون جنيه لإنشاء سحارة لتوصيل المياه إلي بعض المواقع الزراعية في توشكي وكذلك حرمان الشركات المصرية من الحصول علي اراضي بالمشروع كما تجاهلت الحكومة تشجيع زراعة القمح رغم جودته في هذه المناطق. وفي لجنة النظام الانتخابي بمؤتمر الوفاق القومي طالب المشاركون بتطبيق العزل السياسي بحيث يشمل قيادات الحزب وأعضاء الأمانات علي مستوي المحافظات والأمانة العامة والاقسام والمراكز والوحدات الحزبية مؤكدين حرمانهم من جميع الحقوق السياسية في الترشيح والانتخاب, وقد صوت أعضاء اللجنة علي ضرورة حرمان جميع أعضاء الحزب الوطني من ممارسة الحياة السياسية بداية من مجلس الشعب2005 إلي2010