تنفرد البحيرات المصرية بنظام بيئى متميز ومنفرد، فهى حاضنة للعديد من الأحياء المائية والثروات السمكية، فضلا عن استقبالها للأسراب الهائلة من الطيور المائية فى أثناء رحلات هجراتها الموسمية، وإذا كان إنتاجها من الأسماك قد تراجع فهذا بسبب التلوث الشديد الذى طالها، سواء من الصرف الصناعى أو الزراعى أو الصحى، وتتميز مصر باحتوائها أنماطا مختلفة من البحيرات. ويأتى ضمن هذه البحيرات المالحة مثل بحيرات البردويل والمنزلة والبرلس وإدكو ومريوط والعذبة مثل بحيرات ناصر وتوشكى وقارون ووادى الريان، والصناعية مثل التمساح وبورفؤاد، وكذلك توجد بحيرة نبع فى وادى النطرون، وسيوة بالصحراء الغربية، وتحتل هذه البحيرات مساحات عظيمة يمكن تعظيم الاستفادة منها والحفاظ عليها لسد فجوة الأمن الغذائي والبطالة، لذلك أطلقت هيئة الثروة السمكية مشروع حماية البحيرات للحد من التلوث واتخذت عدة خطوات خاصة فى تنقية مياه البحيرات من مياه الصرف، وقامت الهيئة بتشكيل لجنة لتقييم العمل فى المرحلة الأولى. وتواجه بحيرة قارون خطر الاندثار بسبب التبخر الشديد وزيادة نسبة الأملاح مما دفع هيئة الثروة السمكية لعمل مشروع لتنقية مياه الصرف قبل إلقائها فى البحيرة للحد من التلوث، و أوضحت الدكتورة باكيناز زيدان عضو لجنة تقييم المرحلة الأولى لمقترح تنقية مياه الصرف أن البحيرة هى ما تبقى من بحيرة موريس التى كانت مساحتها 3000 كيلومتر مربع بعمق 70 مترا وكانت تستخدم كخزان طبيعى للمياه العذبة المغذية من نهر النيل ، وتم منذ عام 1900 وضع أنظمة إدارة المياه التى منعت وصول مياه النيل للبحيرة فأصبحت مغلقة، واليوم يصلها700 مليون متر مكعب سنويا من مصرفى البطس والوادى، بجانب 12 مصرفا فرعيا وبلغت متوسطات تركيزات الأملاح الذائبة 1.2 جرام لكل لتر بسبب استخدام الأسمدة الزراعية فضلا عن أن معدلات البخر تقدر ب 1.8 متر سنويا بإجمالى 450 ألف متر مكعب مما أدي إلى تراكم الأملاح الذائبة وارتفاع مستويات الملوحة لأكثر من 40 جراما لكل لتر، ومن دراسة الوضع البيئى للبحيرة تبين الخلل الأيكولوجى فى نوعية الأسماك والأحياء المائية، بسبب تأثيرات التلوث العضوي والكيميائى الذى قضى على مصادر غذاء الكائنات الحية واستهلاك الأكسجين الذائب بجانب التلوث بالمخلفات الصلبة، هذا بجانب عدم توافر الزريعة، وظهور دودة الخيشومية التى قضت على الأسماك وتقزمها، كذلك انتشار الإيزوبودا التى تتطفل على خياشيم الأسماك وتؤثر على جودتها ونموها . وتشير الدكتورة سحر فهمى مهنا رئيس اللجنة، إلي أن أهم المصارف التى تلقى بمياهها في بحيرة قارون هو البطس ويصرف 420 مليون متر مكعب سنويا، ومصرف الوادى ويصرف 330 مليون متر مكعب سنويا، ولهذا تم الاقتراح بعدم إلقاء ناتج صرف البطس بشكل مباشر على البحيرة ولكن فى قناه طولها 10 كيلومترات يتم من خلال 14 فلترا ميكانيكيا للحد من دخول أى ترسيبات جديدة فى البحيرة ومحاصرتها فى القناة وتطهيرها أولا بأول، مع إمكان التعامل مع ناتج الصرف لتحسين خواص المياه وذلك باستخدام معدات التهوية الحديثة، بغرض أكسدة بعض المواد الذائبة غير المرغوب فيها، وتضيف أنه تم تنفيذ المرحلة الأولى بطول 5 كيلو مترات وبعمق 3.75 متر بداية من مصرف البطس مع تنفيذ حوض تهدئة أمام مصب مصرف البطس، ولزيادة تحسين خواص المياه تم استخدام بدالات هوائية من المعالجة البيولوجية، بجانب كراكات ومعدات حفر برمائية . وعن طريقة عزل الطرف الغربى للبحيرة يشير الدكتور أحمد فؤاد عبد المعطى عضو اللجنة إلي فكرة العزل وبمساحة 16كيلو مترا عن طريق بناء سد طوله 3000 متر باستخدام الطمى وتمت دراسة التغيرات السنوية لإجمالي كميات الأملاح المعزولة بعد تشغيل منظومة سحب المياه العالية الملوحة للقطاع المعزول مع الاستفادة من الجسر المقترح إقامته للفصل بين البحيرة والقطاع المعزول سياحيا بإنشاء مظلات ومطاعم وممشى للمواطنين، مع خلق فرص عمل للسكان المحليين فى مجال استخلاص الأملاح من البحيرة المعزولة. وفى نهاية التقرير أوصت اللجنة باستبدال الزيوليت بالفلاتر الزلطية المنفذة «خبث الحديد» لرفع كفاءة امتصاص العناصر الثقيلة ولتقليل التكلفة، كما أوصت بإمكان تنفيذ الفكرة على بحيرات أخرى فى مصر . بروتوكول لحماية بحيرة المنزلة وبالنسبة لبحيرة المنزلة التى تتعرض لخطر تناقص مساحتها يشير الدكتور حسام مغازى وزير الرى الأسبق، أنه يوجد 4 مصارف تصب فى بحيرة المنزلة كبري البحيرات الشمالية وهى بحر حادوس، السرو، بحر البقر، فارسكور وتبلغ المياه الداخلة إليها من تلك المصارف 12 مليون متر مكعب يوميا وهى كمية تعادل 10 أضعاف سعتها مما يؤدى لوجود اتجاه شبه وحيد لحركة المياه خاصة مع عدم فاعلية البواغيز الأخرى لإمكان دخول مياه البحر للبحيرة وانسداد الفتحات وضيقها، مما ساعد على نمو البوص والأعشاب، وبالتالى التأثير السلبى على الدورة الهيدرولوجية للبحيرة مع تراجع الاستثمار السمكى والذى كان يمثل 35% من إنتاج مصر عام 1970 ليصبح 4% فقط . ولهذا وقعت وزارتا الرى والزراعة بروتوكولا لتطوير البحيرة بتكلفة وصلت إلى 55 مليون جنيه على مرحلتين بهدف تسهيل دخول مياه البحر للبحيرة وتطهير البواغيز وإقامة القنوات على شكل أشعة تبدأ من البوغاز وتنتهى داخل البحيرة بطول 2 كم وبعمق 100 متر ، وتغذية البحيرة بعد سد فارسكور من خلال حفر ترعة طولها 400 متر وبعرض 25 مترا لتحسين نوعية مياه البحيرة ، ويجري الآن إنشاء محطة معالجة للصرف الصحى ببورسعيد للقرى المحرومة والواقعة فى نطاق المصارف الزراعية . تأثير التغيرات المناخية على البرلس أما بالنسبة لبحيرة البرلس ثانية كبري البحيرات الشمالية وتستخدم كحوض لتجميع مياه الصرف بما تحمله من ملوثات قبل صرفها على البحر المتوسط من خلال قناة ضيقة تسمى البوغاز بما أدى لانخفاض جودتها وانتاجيتها وتدهور نظامها البيئى. وقد أجرى الدكتور أحمد شلبى المدرس بكلية الهندسة جامعة طنطا دراسة عن التأثيرات الخطيرة للتغيرات المناخية على بحيرة البرلس فى ظل الظروف البيئية المتدهورة مثل ارتفاع درجات الحرارة وزيادة البخر وتغير سرعة هبوب الرياح واتجاهها وارتفاع منسوب مياه البحر، بجانب زيادة نسب النترات والفوسفات وانخفاض نسب الأكسجين خاصة فى فصل الصيف. وأشارت الدراسة إلى أن البحيرة ستشهد تغييرا شديدا فى خصائص جودة المياه بها، كذلك تقييم التأثيرات على الخصائص الهيدروديناميكية والتى أكدت زيادة أعماق البحيرة وارتفاع نسبة الملوحة بها، كذلك زيادة تركيزات الفوسفات والنترات والطحالب والنباتات المائية حين انخفاض الأكسجين الذائب بها .
