توصل باحثون في الجمعية الأمريكية للصحة العامة إلي أن استخدام أفران المايكروويف في طهو الطعام قد يحدث تغييرا كيميائيا لمحتوي البروتين في الطعام المطهو, مما يقلل من قيمته الغذائية, كما اكتشفوا أن الأواني التي يوضع في داخلها الطعام لتسخينه في هذه الأفران, وخصوصا المصنوعة من مادة البلاستيك أو الألمونيوم, تنتج عناصر خطرة وجزئيات غريبة تنشط بالحرارة وتتسرب للأطعمة لتختلط بها وتلوثها.ولكن في حال استخدام أفران المايكروويف ينصح ب: غطاء الطعام, وعدم تمليح الطعام قبل طهيه أو تسخينه, إذ توضح دراسة صادرة عن وزارة الزراعة الأمريكية أن بكتيريا السالمونيا واللستيريا تعيش وتحتمل حرارة الطهو العالية في حال تمليح الطعام قبل طهوه, علما أن الإفراط في استخدام الملح لدي إعداد وطهو الطعام قد يمنع موجات المايكروويف الحرارية من اختراق كتلة الطعام وصولا إلي مركزها, ما يجعل عملية التسخين لا تتم بالقدر الكافي, وبالتالي تصبح الأماكن الباردة في الطعام تحمل بكتيريا خطرة, والتأكد من أن التسخين يتم علي حرارة عالية بما يسمح بتصاعد الأبخرة منه, ضمانا لقتل البكتيريا, والامتناع عن طهو اللحوم والدواجن فيها لأنها ملوثة بالبكتيريا, وينبغي طهوها بالطريقة التقليدية للقضاء علي هذه البكتيريا, واستخدام المايكروويف في تسخين الطعام وليس طهوه.
