أثارت زيارة الكنيسة الإنجيلية لجماعة الإخوان المسلمين التي ناقش فيها الطرفان كيفية الوصول لاتفاق عام حول القضايا الوطنية تساؤلات عديدة عن علاقة الجماعة بالكنيستين. الأرثوذوكسية والكاثوليكية التي لم يتطرق أي طرف فيهم للحديث عنها. وترددت بعد ثورة يناير بأسابيع قليلة أنباء عن زيارة مرتقبة بين الإخوان والأرثوذوكسية لكنها لم تصل في النهاية إلا لمكالمة هاتفية أجراها الدكتور محمد بديع المرشد العام للإخوان البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريريك الكرازة المرقسية, وكانت من أجل الاطمئنان علي صحة شنودة بعد عودته من السفر عقب إجرائه فحوصات طبية. وقال الأنبا مرقس أسقف شبرا الخيمة إن صحة البابا تعيق الزيارات التي يجريها أو يستقبلها فهو مريض ولايقوي علي كثرة الحركة, مشيرا الي ان المقر البابوي هو الذي يسأل عن طبيعة العلاقة بين الكنيسة والإخوان. وطالب مرقس في تصريحات ل الأهرام بالتواصل بين القيادات الإخوانية والكنيسة وبين أفراد الطرفين حتي يحدث تلاؤم بينهم لأن العلاقات الطيبة تذيب الفوارق. وذكر الدكتور رشاد البيومي نائب المرشد العام للإخوان أنه لاتوجد اتصالات حالية مع الكنيسة للترتيب لزيارة, معربا عن تمنيات الجماعة بلقاء مع الأرثوذوكس مثلما حدث مع الإنجيليين, لأن الفترة الحالية تحتاج للتكاتف بين جميع المصريين. ومن جانبه نفي الأنباء رفيق جريش الناطق الإعلامي باسم الكنيسة الكاثوليكية أي زيارة مرتقبة من أو للإخوان لكنه وصف العلاقات الثنائية بين الطرفين بأنها حميمة وتسودها الصداقة والإحترام. وأضاف جريش ل الأهرام أن الزيارات الرسمية ليست هي التي ستحكم العلاقة أو تزيد المعرفة, فالكنيسة الكاثوليكية تعرف الإخوان جيدا وبينهما اتصالات غير رسمية منذ عشرين عاما وخاصة بالدكتور عصام العريان نائب رئيس حزب الحرية والعدالة والدكتور محمد البلتاجي أمين الحزب بالقاهرة وغيرهما من القيادات الإخوانية, في الوقت الذي كانت فيه الجماعة مضطهدة من النظام السابق. ولم يستبعد جريش لقاء قريبا مع الإخوان لأن الكاثوليك منفتحون علي الجميع ويمدون أيديهم لكل من يسعي لخدمة الوطن ويقيمون الجسور مع كل الفصائل الوطنية. وحول العلاقة بين الكنيسة الأرثوذوكسية والإخوان وخاصة بعد الاتهامات الإعلامية المتبادلة بين الجماعة والمهندس نجيب ساويرس زعيم حزب المصريين الأحرار عضو الكتلة المصرية وضح جريش أن الكنيسة لم تدعم رسميا أي فيصل, ولكن دعمت من الباطن التيارات الغير إسلامية مثل الليبرالية والاشتراكية, وهذا بديهي. وقال الناطق باسم الكاثوليكية ان الخطاب السلفي الذي تتضمن كلاما عن تطبيق الحدود وغيره هو الذي تسبب في فزع الأقباط من الإسلاميين لكن الخطاب الإخواني معتدل فالجماعة تمارس السياسة منذ زمن طويل. وأضاف جريش أن الكنيسة الكاثوليكية لم تقرر حتي الآن دعم مرشح معين للانتخابات الرئاسية ولن تدعم مرشحا إسلاميا متشددا, وأن الكنيسة تركت حرية الاختيار لاتباعها في قرار دعم أي مرشح لكنها وضعت لهم إطارا عاما لايخرجون عنه عند مساندتهم لمرشح, موضحا أن هذا المرشح يجب أن يكون معتدلا وعادلا لايفرق بين فصائل الشعب, وأن يكون نزيها مخلصا.
