بالرغم من دخول خدمة الصرف الصحي لأول مرة الي محافظة سوهاج في بداية الثمانينيات وبالتحديد في مدينة سوهاج غرب النيل فإنه حتي الآن لم يتعد عدد السكان المخدومين بالصرف الصحي بالمحافظة772 ألف نسمة من اجمالي عدد السكان البالغ نحو4 ملايين و500 ألف نسمة بنسبة19% فقط, وذلك بمدن سوهاج وجرجا وطهطا وطما وأخميم وهي الكوثر والبلينا, بينما لم يتم الانتهاء بعد من مشروع الصرف الصحي لمدينتي المراغة وجهينة رغم بدء العمل به في أكتوبر2000 أي منذ نحو11 عاما بل لم يتم الانتهاء من محطة المعالجة الخاصة بهما بالرغم من بدء العمل بها منذ14 عاما. كما لم يتم الانتهاء من مشروع صرف صحي مدينة المنشأة وأولاد حمزة والذي بدأ العمل به منذ9 سنوات, بالاضافة لمشروع صرف صحي مدينة ساقلته والذي بدأ العمل به منذ عام2002 ويواجه مشكلة اختيار موقع بديل لمحطة المعالجة السابق اختياره, كما يواجه مشروع صرف صحي مدينة دار السلام مشكلة عدم توافر أراض لإقامة المحطات عليها ناهيك عن مشكلة عدم توافر الاعتمادات المالية التي يمكن من خلالها الانتهاء من هذه المشروعات في المواعيد المقررة سلفا. أما بالنسبة للقري فلم يتم تشغيل مشروع الصرف الصحي سوي في قريتين فقط من بين260 قرية علي مستوي المحافظة وهما الطليمات ونزلة علي بمركز جهينة. ومن جانبه أكد اللواء مهندس محمود نافع رئيس شركة مياه الشرب والصرف الصحي بسوهاج أن الشركة تسعي بالتعاون مع الهيئة القومية وعدد من الجهات المانحة الي الانتهاء وتنفيذ العديد من مشروعات الصرف الصحي ليصل عدد المخدومين في عام2017 الي مليونين و700 ألف نسمة بنسبة65% من سكان المحافظة, وذلك من خلال انتهاء الهيئة من تنفيذ المشروعات سالفة الذكر والتي تخدم مليونا و200 ألف نسمة في هذه المدن, بالاضافة لعدد90 قرية وتابعا بتكلفة مليار و800 مليون جنيه, أضف الي ذلك مشروعات البنك الدولي والتي يجري تنفيذها تحت اشراف الشركة بعدد22 قرية تخدم220 ألف نسمة بقري طما وطهطا وجرجا والبلينا وسوهاج بتكلفة75 مليون دولار, وقد تم تحديد المرحلة الأولي منها بتكلفة17.5 مليون دولار لتنفيذ4 مشروعات بقري بيت خلاف وبيت داود والمحاسنة والقرعان بمركز جرجا. وقال نافع إنه جار تنفيذ مشروعات صرف صحي من خلال الوكالة الأمريكية للتنمية الدولية بمركز طهطا بتكلفة89 مليون جنيه في قري بنجا وبني عمار وحمودة وبنهو لخدمة52 ألف نسمة, مشيرا الي انه تم مخاطبة السيد وضاح الحمزاوي محافظ سوهاج لمخاطبة وزيرة التعاون الدولي لتوفير الاعتمادات اللازمة لاستكمال مشروعات الصرف الصحي في10 قري وهي أدفا وعرابة أبودهب والهجارسة والكوامل بحري وأولاد غريب والصلعا بمركز سوهاج والغابات بمركز البلينا والبطاخ وعرابة أبوعزيز بمركز المراغة لخدمة147 ألف نسمة وتتكلف84 مليون جنيه.