أمرت نيابة البدرشين برئاسة محمد شقير، وبإشراف المستشار أحمد البحراوى المحامى العام الأول لنيابات جنوبالجيزة، باستدعاء مسئولى السكة الحديد ومساعد سائق القطار، كما أمرت بالتحفظ على جهاز الآيتى بى بى الخاص بالسرعة لفحصه لمعرفة ملابسات الحادث واستدعاء اللجنة الفنية لإعداد تقريرها عن الواقعة. أكد ناظر محطة البدرشين للنيابة العامة أن القطار غادر المحطة ولكنه لاحظ أثناء خروجه وجود جزء محطم وبارز من القطار وبعد عدة أمتار وقعت الحادثة، فأمرت النيابة بصرفه من سراى النيابة كما أمرت باستدعاء مسئولى السكك الحديدية. بينما أنكر سائق القطار مسئوليته عن الحادث، بعدما وجهت له النيابة تهمة القتل والإصابة الخطأ والإهمال فى أداء عمل، قائلا: "وأنا خارج من محطة أسيوط قام المشرف الفنى بالمحطة بفحص القطار وقال لى اطلع، وأنا لم أسرع ولكنى كنت ماشيا فى المسار الصحيح". كما استمعت النيابة إلى أقوال عامل المزلقان الذى أكد أن القطار كان مسرعا وأنه تخطى المسار الصحيح له وأنه فوجى بالواقعة بعد خروجه من المزلقان على بعد 200 متر.