استمرارا لنهج قناة الجزيرة القطرية في نشر الأكاذيب والادعاءات، ومحاولة تشويه سمعة دول المقاطعة، زعمت في تحقيق تجريه بعنوان "قطر 96" عن تورط ملك البحرين السابق الشيخ حمد بن عيسى آل خليفة في دعم وتمويل عمليات تخريبية داخل قطر بعد فشل محاولة الانقلاب على نظام الحكم عام 1996، حيث كان حينها ولي عهد البحرين. وتحاول الجزيرة اصطياد المعارضين للأنظمة الحاكمة بالدول العربية، لأخذ تصريحات عنهم ومنهم فهد المالكي أحد أبرز قيادات المحاولة الانقلابية على نظام الحكم في قطر عام 1996، والذي هرب إلى الإمارات بعد فشل المحاولة، إن الشيخ حمد بن عيسى موله شخصيا لتنفيذ سلسلة عمليات تخريبية وتفجير داخل الدوحة تحت غطاء جبهة معارضة لنظام حكم لأمير قطر السابق الشيخ حمد بن خليفة آل ثاني. وفي حديثه مع أحد البرامج بالقناة القطرية، ادعى المالكي أنه حصل حينها على مبلغ 100 ألف دينار بحريني من حمد بن عيسى مقابل استهداف مقرات سيادية في الدوحة، كان بينها مقر دائرة الجوازات الذي وضعت فيه عبوة ناسفة لم تنفجر وعثرت عليها السلطات القطرية في أكتوبر 1996. وأكد المالكي أنه قد اتصل شخصيا حينها بوكالة رويترز للأنباء وتبنى محاولة التفجير تحت مسمى "منظمة عودة الشرعية". واستعرض التحقيق مدى الدعم الذي قدم للهاربين من قطر وللمشاركين في المحاولة الانقلابية الفاشلة في فبراير 1996، حيث أظهر التحقيق للمرة الأولى صورا لجوازات السفر الإماراتيةوالبحرينية التي تم منحها للعسكريين وقيادات الانقلاب القطريين، مما شكل لهم غطاء سياسيا في تلك المرحلة.