أزمة حادة كانت جدران جامعة الأزهر شاهدة عليها، وانتشرت الأقاويل عن اتهام "الدكتور يسرى جعفر - أستاذ العقيدة والفلسفة بكلية أصول الدين بالقاهرة" بالإلحاد، ليتم إيقافه عن العمل لمدة ثلاثة أشهر، وإحالته لمجلس تأديب بناء على التقرير الذي رفعه الدكتور حامد أبو طالب عضو لجنة التحقيقات بالجامعة، ليتبين قصة مغايرة تمامًا لما تم نشره. البداية مع "الدكتور يسرى جعفر - أستاذ العقيدة بجامعة الأزهر"، والذي نفى صحة الاتهامات التي وجهت له بالإلحاد، قائلا: "هذا الكلام غير صحيح على الإطلاق، وهذا ما ذكرته في التحقيقات التي أجريت معى بجامعة الأزهر التي بها الكثير من المخالفات، إذ وقعت الجامعة في عدة محاذير قانونية وأخطأت، والأمر لا يعدو كونه تصفية حسابات ما بين القرناء". "جعفر" أضاف: "لم انتقد صحيح البخارى على الإطلاق، كما يروجون، وذكرت في أكثر من موضع أنه أصح كتاب بعد القرآن والسنة.. كما أن حديث الدكتور حامد أبو طالب عن إيقافى بسبب تحريضى ضد القوات المسلحة والشرطة كلام باطل، وأتحداه أن يأتى بدليل واحد على ذلك، وهذه عبارات كاذبة". وواصل حديثه، قائلا: "تحقيق أبو طالب معى في الأساس باطلا، لأنه لم يكشف عن أسماء الشاكين، ولم يكن معى محام أو معين نظرا لأننى كفيف، ولم أطلع على هذه الشكاوى والأقاويل التي خلت من الأدلة المادية، والدكتور حامد قال لى نصا (يا دكتور يسرى أنت عقلية حاضرة يجب أن يستفاد بها ومنها)، فقسم الفلسفة والعقيدة بجامعة الأزهر أنشئ لمواجهة الأفكار الإلحادية والفلسفات المخالفة للشريعة، والإمام الأكبر الذي نلوذ ونحتمى به تدخل في القضية لاحتوائها". وفيما يتعلق باعتبار هذا التحقيق "تصفية حسابات، قال جعفر: "بفضل الله أتمتع بحضور شديد بين الطلاب، واعتبر امتدادا لمدرسة الدكتور عبد المعطى بيومى أستاذ الفلسفة الإسلامية، التي تمنى البعض أن ينطفئ نورها، وهذا لم يتم، فالأزهر منذ قديم الزمان تعود على الرأى والرأى المخالف، ونحن الآن في انتظار احتواء الإمام الأكبر لهذه المشكلات بحكمته وخبرته ورؤيته البعيدة، وما ذكره الدكتور حامد أبو طالب حول صدور أي شيء منى يحض على الكراهية أو إهانة أي مؤسسة للدولة بما فيها القوات المسلحة والشرطة هو كذب ومحض افتراء، والسبب يعود إلى خلافات في الآراء الفلسفية ليس إلا، وإيقاف راتبى أمر غير قانوني". على الجانب الآخر، أرجع "الدكتور حامد أبو طالب - عضو مجمع البحوث الإسلامية عضو مكتب تحقيقات الأساتذة بجامعة الأزهر" إحالة الدكتور يسرى جعفر للتحقيق إلى إشاعته الكراهية والبغض لدى الطلاب، قائلا: "نحن في الأزهر نريد تعليم طلابنا جيدا ونعودهم على السماحة، وننشر فيهم حب الناس والمجتمع الآخر، والبعد عن كراهية الآخر بكل صوره، والدكتور يسرى تحدث في أمور من شأنها بث الكراهية وتحريض الناس على الجيش والشرطة والقضاء والمجتمع بأكمله".. وعما يثار بشأن إيقاف الدكتور جعفر عن العمل بدعوى نشره أفكار الإمام محمد عبده وطه حسين، رد أبو طالب: "غير صحيح على الإطلاق، فنحن لدينا حرية فكر في الأزهر الشريف، ونتناول جميع الآراء الرأى والرأى الآخر والقول والقول الآخر، ولا يوجد أي حجر على رأى أحد، غير بث الكراهية، وسأقوم برفع التقرير الخاص بالتحقيق مع الدكتور يسرى جعفر إلى مجلس تأديب الجامعة". ورفض أبو طالب حديث الدكتور يسرى جعفر عن أن سبب إحالته للتحقيق تصفيات حسابات، قائلا: "هذا غير صحيح على الإطلاق، فجامعة الأزهر ليست مكانا لتصفية الحسابات، ولو كان الدكتور يسرى صادقا فيما يقول فلماذا لم يذكر الأشخاص المقصودين ب(تصفية الحسابات).