أثار قرار مصلحة الضرائب بإلغاء امتيازات الإعفاء الضريبي الممنوح للجمعيات الاستهلاكية والتعاونية الإنتاجية.. الكثير من الخلافات والجدل خاصة أن هذا مخالف قانونياً للمادتين 109 و110 من القانون لسنة 1975واللتان تقضيان بمنح الإعفاء في حال التزام الجمعيات بالتوزيع داخل الحدود المكانية له، فضلاً عن عدم التعامل مع الغير إلا بعد تحقيق فائض لديها بعد الوفاء بجميع التزاماتها. حيث أكد أشرف العربي رئيس مصلحة الضرائب أن إلغاء الإعفاءات الضريبية الممنوحة لهذه الكيانات المخالفة من شأنها تحقيق أرباح مشيراً إلي أن الإعفاء الممنوح كان في الأساس لكونها كيانات لا تهدف إلي تحقيق الربح، وإنما الغرض منها تقديم الخدمة لطبقات معينة تستحق هذا الإعفاء. وأضاف أن بعض الجمعيات التعاونية الاستهلاكية والإنتاجية خالفت القانون وتعاملت مع الغير دون وجود أي فائض لديها، بل قامت بالتوزيع أيضاً خارج حدودها المكانية، ضاربة بالإعفاء الضريبي الممنوح لها عرض الحائط في كل من ضريبتي الدخل والدمغة علي المصروفات الحكومية. وعلق درويش مصطفي وكيل أول وزارة التضامن الاجتماعي في تصريحات خاصة لروزاليوسف قائلاً: إن الجمعيات الاستهلاكية تتبع الشركة القابضة للصناعات الغذائية الخاضعة للإشراف المباشر لوزارة الاستثمار، وبالتالي فهي لا تستفيد من السلع التموينية التي تحقق هامش ربح أقل من السوق. مشيراً إلي أن إلغاء الإعفاءات الضريبية عليها قد يجعلها تحقق خسائر فادحة مستقبلاً، لأنها مدعومة وجميع أسعارها أقل من الأسواق الخارجية. واختلف معه أحمد محمود رئيس شركة طنطا للزيوت والصابون إحدي الشركات التابعة للقابضة للصناعات الغذائية موضحاً أن جميع الجمعيات الإنتاجية والاستهلاكية تحقق أرباحاً، وعلي هذا الأساس لا يجوز إعفاؤها ضريبياً خاصة وهذا واضح في جميع سلاسل مجمعات الأهرام الاستهلاكية وسلاسل النيل، وأخيراً المصرية للمجمعات الاستهلاكية مضيفاً أنه من الصعوبة الالتزام بالحدود المكانية لهذه الجمعيات، فلن تطلب من المشتري بطاقته الخاصة حتي تثبت أنه من سكان المنطقة التي يوجد فيها المجمع الاستهلاكي. أما د. محمد النفراوي خبير الضرائب وأمين عام الجمعية المصرية للمالية العامة والضرائب فقال: إن مصلحة الضرائب بدأت في تصحيح الأوضاع الخاطئة بتطبيق القانون الذي ينص علي أن الجمعيات الاستهلاكية تعفي من الضرائب التي لا تحقق ربحا لخدمتها شرائح معينة، ولكن في حالة تأسيس هذه الكيانات شركات أخري تحقق أرباحاً فلا يجوز إعفاؤها من الضرائب نهائياً.