وصفت الكنيسة القبطية الأرثوذكسية فوز الدكتور محمد مرسي في انتخابات رئاسة الجمهورية بأنه انتصار للديمقراطية يظهر مدى شفافية الانتخابات ونزاهتها. وقال القس أنجيلوس أسحق، سكرتير الأنبا باخوميوس قائم مقام البابا بطريرك الكنيسة الأرثوذوكسية في تصريح لوكالة أنباء الشرق الأوسط اليوم الأحد إن تطلعات الأقباط مثل تطلعات كافة المصريين في هذه المرحلة الجديدة نحو تحقيق الأمن والاستقرار والرخاء .. مشيرا إلى أن الكنيسة الأرثوذكسية تصلي من أجل أن يمنح الله الرئيس الجديد القدرة على اجتياز هذه المرحلة الحرجة في تاريخ البلاد. وأكد القس أنجيلوس أن الكنيسة تتمنى للرئيس الجديد المنتخب أن يقود مصر نحو الخير والرخاء, وأن يجمع كل أطياف الشعب من حوله من أجل المشاركة في بناء مصر الحديثة. ويشكل أقباط مصر ما يقرب من 10% من السكان في ظل غياب إحصائيات رسمية، وتوقع كثيرون أن تذهب أصواتهم لأحمد شفيق منافس المرشح الفائز محمد مرسي مرشح حزب الحرية والعدالة الذي أسسته جماعة الإخوان المسلمين، في ظل مخاوف من فرض الجماعة لحكم ديني متشدد يتجاهل حقوق الأقباط.