حافظ الرئيس محمد مرسي على حرية التظاهر كحق مكتسب من حقوق المصريين بعد ثورة يناير، فسمح لمعارضيه قبل مؤيديه بالحقوق التي كفلتها الثورة، بالتظاهر والنزول إلى الشارع للتعبير عن الرأي، على الرغم من أن العديد من التظاهرات التي سميت ب"الفئوية" في عهد عصام شرف والمجلس العسكري بقيادة طنطاوي، كانت تهدف إلى إحراج مرسي وإضعاف حكمه. ووفق تقرير أصدرته الرئاسة المصرية في عهد مرسي، بلغت الاحتجاجات التي تعرض لها الرئيس مرسي 5,821 مظاهرة ومصادمة، بمعدل 485 مظاهرة كل شهر، و7,709 وقفات احتجاجية وفئوية، بمعدل 557 وقفة احتجاجية كل شهر، و24 دعوة لمليونية، بمعدل مليونيتين كل شهر. مع أن عدد المشاركين فيما يسمى بالمليونيات لم يكن يتجاوز بضعة آلاف في أحيان عديدة. وحرصت الدولة العميقة على إشعال هذا الحق، بل ومفاقمته بالإضراب عن العمل، إضافة إلى تفاقم أزمتي الوقود والكهرباء. التخريب والحرق وفي دراسة لمركز الزيتونة، قالت إن "استراتيجية حملة إسقاط مرسي قامت على التركيز على الملف الأمني، فنظموا حملات إحراق وتفجير لمقرات حزبية ومراكز شرطة، وتسيير مظاهرات معارضة لمرسي تنتهي معظمها بعمليات إحراق وإحداث فوضى أمنية في شوارع مصر". وأضافت أن من الوسائل التي لجئوا إليها إنشاء مجموعة تسمى "بلاك بلوك"، التي ظهرت في 24/1/2013 عشية الذكرى الثانية لثورة 25 يناير، وقد حامت حول المجموعة شكوكٌ حول دورها وخلفيتها، وبرزت تساؤلات حول توقيت ظهور مثل هذه المجموعة التي قام أفرادها بتغطية وجوههم بالأقنعة لإخفاء هويتهم، خصوصا أنه لم يكن هناك ضرورة لتشكيل مثل هذه المجموعات في ظلّ سيادة القانون، وحماية الحريات وحقّ التظاهر في عهد مرسي. وتضيف الدراسة، أن اختفاء هذه المجموعة بعد أيام من عزل مرسي، أثار الشبهات والريبة حولها، كأن الهدف من هذه المجموعة كان إحداث فوضى منظمة في البلاد لإضفاء صبغة عسكرية على هذه التحركات. استمرار الخداع وكتب نقيب الصحفيين الأسبق ممدوح الولي، تعليقًا على العنوان الرئيسى لجريدة الأهرام، "الرئيس مُصر على دولة مدنية تحترم الحريات وحقوق الإنسان"، والذي نشر في 18 أبريل 2016، وقال: "وكل كلمات العنوان لا تحظى بالمصداقية.. الرئيس: معروف كيف استولى على السلطة.. دولة مدنية: وماذا عن دور المجلس العسكرى وتوسع النشاط الاقتصادى للجيش؟ ومن أين جاء الحاكم؟.. تحترم الحريات: أي حريات مع منع حرية التظاهر وإعلام الصوت الواحد وحبس الصحفيين؟، وحقوق الإنسان: بدليل محرقة رابعة والنهضة، ومجازر الحرس الجمهوري وغيرها من الميادين، واعتقال عشرات الآلاف حتى الآن". ومنذ وصول السيسي إلى الحكم، واصلت السلطات تنفيذ حظر التظاهر فعليا، وتفريق المظاهرات المعارضة للحكومة بالقوة وعلى نحو روتيني، كما اتبعت السلطات سياسة القمع الجسدي تكتيكا أساسيا للتعامل مع أعضاء الإخوان والنشطاء العلمانيين على السواء. مجازر تستهدف الحراك وأشارت دراسة مركز الزيتونة إلى أن النظام العسكري بعد الانقلاب باشر بارتكاب المجازر المتتالية من أجل وقف الحراك الثوري، ففي مجزرتي فض ميداني رابعة والنهضة سقط أكثر من ألف ضحية من بين المحتجين، وفق ما صرح به رئيس الوزراء حينها حازم الببلاوي، بينما أعلن التحالف الداعم لمرسي في 15/8/2013، عن أن إجمالي الضحايا في فض اعتصام رابعة وحده بلغ 2,600 ضحية من المدنيين، بينما صرحت مصادر في "الإخوان المسلمين" أن عدد القتلى بلغ 5,000. بالإضافة إلى اعتقال عشرات الآلاف من معارضي الانقلاب، وعجز النظام الجديد عن ترسيخ الحكم العسكري بالقوة، مارست الأذرع الأمنية عمليات تصفية جسدية مباشرة للمعارضين، زادت وتيرتها بعد تعيين مجدي عبدالغفار وزيرا للداخلية في عهد السيسي، في 5 مارس 2015. وقد أخذت هذه التصفيات أشكالا متعددة، فإما أن تكون في أثناء عمليات الاعتقال، أو بعد ساعات من الاختطاف على يد عناصر الشرطة.
