نشرت مجلة فورين بوليسي الأمريكية البارزة مقال رأي للدكتور خليل العناني بعنوان "كل مشايخ الديكتاتور" لكيفية اختيار السيسي للمؤسسات الدينية في مصر لتحقيق مكاسب سياسية. وقال العناني إنه فقط تحت السيسي تم تحويل الجسد (المؤسسة الدينية) إلى أداة دعائية دينية تستخدم بشكل متكرر لتنفيذ الأجندة السياسية للزعيم. وأضاف أنه مما لا شك فيه أن المؤسسات الدينية ورجال الدين الذين يؤيدون الأنظمة الاستبدادية لا تكاد تكون فريدة في الشرق الأوسط. وخلص إلى أنه "على مر التاريخ وعبر الأديان، استخدم القادة الاستبداديون الدين من أجل القيام بدور الشرطة". تأييد التدخل في ليبيا واشار المقال إلى دعم المؤسسة الدينية الرسمية السيسي في عزمه التدخل عسكريا في ليبيا وقال: "في 20 يونيو وعد عبد الفتاح السيسي بالتدخل العسكري في ليبيا إذا حاولت القوات الداعمة للحكومة المدعومة من الأممالمتحدة استعادة مدينة سرت الاستراتيجية"، لافتا إلى أن "السيسي لم يتابع تهديده بعد، فكان لديه دعم من قوة أعلى إذا فعل ذلك". وأوضح أنه بعد يومين من إعلان السيسي، عرضت أكبر المؤسسات الدينية الرسمية في مصر تأييدًا مدويًا، أصدر الأزهر، أحد أكثر المؤسسات الدينية احترامًا في العالم الإسلامي السني، بيانًا يدعم موقف السيسي السياسي من ليبيا. وأضاف أن دار الإفتاء أكبر سلطة إسلامية في مصر، ذهبت إلى أبعد من ذلك، وحثت المصريين على دعم تهديدات السيسي قائلين إن أي معارضة ستعتبر حرامًا، أو محظورة بموجب الشريعة الإسلامية. في سلسلة رسائل على تويتر، أخبرت دار الإفتاء متابعيها البالغ عددهم 320 ألفًا أن على المصريين واجبا دينيا تجاه قيادتهم، وعليهم أن يطيعوه ويدعموه وإلا "لا يستحقون شرف الانتماء للبلاد". ورأى العناني أن تعليق دار الافتاء يبدو في غير محله بالنسبة لهيئة معنية بشكل رئيسي بالشريعة الإسلامية. واستدرك "في السنوات الست التي انقضت منذ تولي السيسي السلطة، أصبحت المؤسسات والشخصيات الدينية في مصر متورطة بشكل متزايد في الشئون العلمانية". لا دين في السياسة وأشار إلى أن السيسي بعد الانقلاب ركض على منصة عداء الإسلاميين، مدعيا أنه لا يجب الخلط بين الدين والسياسة. واستدرك مجددا من أنه مع ذلك "ومنذ توليه منصبه، كان السيسي يستخدم الدين لتعزيز أجندته السياسية وتبرير سياساته القمعية والشعبوية". وكشف أن الدين عنصر أساسي في الحياة اليومية للمصريين والدولة تسيطر على المجال الديني. وبشئ من التفصيل قال: "يتم تنظيم وإدارة المؤسسات الدينية الرئيسية الثلاث في مصر "الأزهر، دار الإفتاء، ووزارة الأوقاف" من قبل الدولة"، مضيفا أن السيسي يتمتع بسلطة توظيف كبار الشيوخ والأئمة، وتحديد ميزانيات المؤسسات الدينية، والإشراف على أنشطتهم. منذ تأسيسها عام 1895، حيث دعمت دار الافتاء الأنظمة والقيادات السياسية في مصر باستثناءات قليلة، لكن تحت السيسي فقط تم تحويل الجسد إلى أداة دعائية دينية تستخدم بشكل متكرر لمعاقبة الأجندة السياسية ل"الزعيم". تاريخ من المساندة وقال إنه على مدى السنوات الست الماضية، أصدرت دار الإفتاء العديد من الفتاوى والفتاوى التي تدعم أو تضفي الشرعية على السياسات الداخلية والخارجية للسيسي. وقدّر خليل العناني أنه من المفترض أن تغطي الفتاوى المسائل الدينية في المقام الأول، لكن حوالي 81 من أصل 224 بيانًا صدرت هذا العام حتى الآن تتعلق بقضايا سياسية. وعن محتواها أشار إلى أنها "تتراوح هذه من دعم إجراءات حكومة السيسي لمحاربة COVID-19، والثناء على حملة الجيش المصري ضد المتطرفين في سيناء، ومهاجمة الإسلاميين وتركيا". دعم غير مسبوق وقال العناني " قدم شيوخ وأئمة دار الافتاء أصواتهم دعماً للسيسي بطريقة لم يسبق لها مثيل في تاريخ المؤسسة". وأضاف أن المفتي الأكبر السابق لمصر، الشيخ علي جمعة، وكذلك المفتي الحالي، الشيخ شوقي علام، هم من المؤيدين الصريحين لسياسات السيسي ولا سيما حملته ضد الإخوان المسلمين. في الذكرى السابعة لانقلاب يوليو 2013، هاجم "علام" الإخوان المسلمين وأثنى على السيسي للتخلص منهم. وقال إنه اعتبر الانقلاب "معجزة نبوية". وعن تلك المرحلة، استرجع ما حدث في غضون ذلك، حيث انتقد "جمعة" بشدة جماعة الإخوان المسلمين، مستخدماً المنطق الديني لتبرير قمعها. وأنه في مقطع فيديو مسرب من أوائل أغسطس 2013، أخبر جمعة جمهورًا من ضباط الجيش والشرطة المصريين (من بينهم السيسي، الذي كان في ذلك الوقت وزير الدفاع) أنه يجب أن يكونوا قساة في ردهم على الإخوان المسلمين. فقال: "أطلق عليهم النار في القلب". طوبى لمن يقتلون ومن يقتلون. … يجب أن نطهر مصر من هذه الحثالة. … إنهم يخجلوننا. … ينتن. هكذا خلقهم الله. إنهم منافقون ومنفصلين ". بعد بضعة أيام، في 14 أغسطس 2013، قام الجيش والشرطة في مصر بوحشية بقتل حوالي 800 متظاهر مؤيد لمرسي في وضح النهار.