أشعلت خطوة رفع الحظر عن نشر تفاصيل العملية الإسرائيلية الخاصة باستهداف المفاعل النووي السوري، فتيل أزمة شديدة بين المخابرات العسكرية الإسرائيلية وبين الموساد، حيث أراد كل طرف منهما نسب الفضل في اكتشاف المشروع النووي السوري وتدميره له وحده، وألقى باللوم على الآخر لعدم تمكنه من اكتشاف المشروع إلا بعد مرور سنوات وقبل أن يصل إلى النقطة الحرجة. وفجر الأزمة رئيس الموساد في السابق تمير بردو، عندما وجه انتقادات شديدة لجهاز الاستخبارات العسكرية "أمان" وطريقة عمله فيما يخص اكتشاف البرنامج النووي السوري، وقال بردو: "إن اكتشاف المفاعل جاء في وقت متأخر، بعد 7 سنين من العمل عليه، وذلك إخفاق عظيم" وشبه بردو إخفاق الاستخبارات العسكرية بشأن المشروع السوري بالإخفاق الاستخباراتي قبيل حرب أكتوبر 1973. وتابع رئيس الموساد، إن دخول جهازه على التعامل مع المشروع كان أهم العوامل التي أدت إلى تدمير المفاعل في آخر لحظة، حيث استطاع بطرقه الخاصة الحصول على أدلة دامغة تثبت امتلاك سوريا مشروعا نوويا وتبني مفاعلا نوويا بالقرب من دير الزور. بينما قال رئيس الاستخبارات العسكرية آنذاك، عاموس يدلين، إنه توجه لرئيس الموساد حينها، مئير داجان، وقال له إنه لديه مؤشرات أولية تدل على أن سوريا بصدد بناء مفاعل نووي، فقال إنه يفحص الأمر وكان جوابه "لا يوجد شيء". وتابع رئيس الاستخبارات العسكرية، أن جهازه هو الذي انتبه أولا لوجود المشروع النووي السوري لأن الموساد كان مشغولا بالمشروع النووي الإيراني، ولولا الاستخبارات العسكرية لكان الأسد استطاع بناء مشروع نووي بمساعدة كوريا الشمالية تحت أنف إسرائيل. وأعرب وزير الدفاع الإسرائيلي، أفيجدور ليبرمان، عن أسفه للمعركة الحامية بين الجهازين، وأكد أن يشعر بالندم على قراره منح الضوء الأخضر للجيش بأن يكشف عن تدمير المفاعل النووي السوري عام 2007. لافتا إلى أن المعركة بين الطرفين، الموساد وأمان، تضر بأمن إسرائيل وتوتر العلاقات بين الجهازين الذين يجب أن يتعاونا وينسقا العمل بينهما بدل الاقتتال.
