يشكل التمويل وجذب الجماهير للعروض المشكلات المصاحبة لإقامة أي مهرجان فني في مواجهة منظمي الحدث، خصوصا إن كان يقام وسط حالة من القلق وعدم الاستقرار والتوتر التي تمر بها مصر، والتحدي الأكبر الذي يواجههم هو تجاوز كل هذه المعوقات واستكمال الحدث رغم تعثر التمويل أو ضعف الميزانية. وقد شهدت الدورة الثانية من مهرجان الأقصر للسينما الإفريقية مأزقًا ماليًّا قبل بداية المهرجان بأيام قليلة وحتي اليوم الأخير قبل حفل الختام، ما أجبر سيد فؤاد رئيس المهرجان على إلغاء الجائزة المالية للمسابقة، حيث تراجعت عدد من الجهات التي أعلنت دعمها المادي للمهرجان، وهناك جهات أخرى تنصلت من مسئوليتها مثل وزارة الشباب التي أعلنت عدم اختصاصها بدعم مهرجان سينمائي، ووزارة الثقافة التي لم تلتزم بدفع كامل مبلغ الدعم المقرر للمهرجان، ووزارة السياحة التي دفعت رئيس المهرجان سيد فؤاد للاعتصام داخل الوزارة حتى يحصل على المبلغ المتفق عليه معها ليتمكن من دفع تذاكر سفر الضيوف الأجانب.