جددت مصادر في الآثار مطالبها بترميم مسجد ابوبكر مزهر الأثري وانقاذه من الانهيار بسبب أنه مهمل منذ سنوات بعد أن قامت وزارة الآثار بتفكيك منبره وإعادة تركيبه وترميمه، وادخاله ضمن سيناريو عرض القاعة المؤقتة في متحف الحضارة. المسجد طبقًا للمصادر معرض لأضرار بعد تجدد الحريق المشتعل منذ أيام مرة أخرى،خاصة مع إرتفاع درجة حرارة الجو،وقد تطال جدران المسجد من الخارج، ما قد يؤثر عليها سلبًا، خاصة أن المسجد ومنذ أكثر من 15 عامًا وهو مصلوب بشدات ومصدات خشبية باتت متهالكة وتجدد من حين لآخر. وكانت وزارة الآثار قد قامت في أبريل 2018 بنقل منبر المسجد بعد ما تم فكه،وقد لاقت طريقة النقل حينها اعتراضات كثيرة،حيث تم نقله علي سيارات نصف نقل. وقبل نقل المنبر تعرض بابه الخارجي لسرقة حوشات نحاسية واجزاء من زخارف الباب قبل نقل المنبر بحوالي أسبوع، وكانت الاعتراضات علي نقل المنبر أنه تم نقله إلى مخازن أثار القلعة في نفس يوم إخطار منطقة الجمالية بالنقل مما يوحي بالتسرع والإستعجال في فك ونقل المنبر بشكل يبدو متعمدا،لعدم وجود مكان أو مخزن مؤهل ومناسب لتخزين المنبر،ولا سيناريو أو خطة منظمة لنقله بعد فكه حينها بواسطة عدد من العاملين بإدارة الحرف التراثية و المسجد منذ هذه الوقائع مغلق ولم تتخذ أية خطوات من الآثار حتي الآن لإنقاذه من الأضرار الجسيمة الموجودة به،خاصة حالته الإنشائية والمعمارية التي باتت تزداد خطورة و جدرانه مصابة بتشققات تمثل خطورة داهمة علي المسجد المغلق طوال 4 سنوات منذ نقل المنبر حتي الآن،دون أن تمتد له أية أعمال ترميم يعد منبر مسجد أبو بكر مزهر أهم منبر مملوكى موجود علي حالته الكاملة بالقاهرة،ومصنوع من الخشب الماهوجنى المطعم بالعاج والعظم،كما يتميز بوجود رنك"ختم أو علامة"القاضى عليه،وهي المهنة التي كان عليها صاحبه والمجموعة المعمارية للقاضي أبي بكر بن مزهر بالجمالية تشتمل علي مدرسة وخانقاة وسبيل وكتاب وقاعة وربع ودوار،وتعتبر مثالا متكاملا في العمارة الإسلامية،كما أن المجموعة ليست لسلطان أو أمير،بل لشخصية رجل دين لعب دورا بارزا ومهما خلال حكم السلطان قايتباي،وهذا القاضي له منشأت وعمائر في بيت المقدس ومكة والمدينة،مما يدل علي مكانته الرفيعة في عصره،كما أنه في حشوتين بأعلي مصراعي باب المنبر الواقع في الإيوان الشرقي تفريعات نباتية نصها"أنا منبر بحديقة..في روض مجد مزهر"،وفي الإيوان الغربي باب عليه كتابات تؤكد أن المسجد تم تجديده في عهد الخديوي عباس حلمي الثاني.
