الفتنة الطائفية خطر يهدد مستقبل مصر، خاصة في الوقت الذي تلعب فيه أياد خارجية على هذا الوتر الحساس، لذلك تنادى العديد من الخبراء والعقلاء إلى حل الخلافات التي تمس الطائفية بعقلانية ودون تمييز، ومن الأمور الشائكة التي يرددها البعض وتعالت نبرتها مؤخرا هو دور الكنيسة والشائعات التي تتهمها بأنها دولة داخل الدولة بالإضافة إلى شائعات احتوائها على مخازن للأسلحة، هذه الشائعات تتحول عند العامة من الشعب إلى حقائق تثير المخاوف والقلاقل، هذا الخوف والقلق دعا الكثير من العقلاء إلى فكرة إنشاء ما تسمى بوزارة الأديان حتى تخضع تحت مسئوليتها الكنيسة وبذلك نضع حدا لهذه الشائعات.. وحول هذه القضية الشائكة رفض القمص بولس عويضة ما يتردد عن الكنيسة واتهامها بأنها دولة داخل الدولة أو أنها ترفض الخضوع لسيادة الدولة مؤكداً أن هذا الكلام هو كلام مشمئز ومستفز في آن واحد وهدفه هو إثارة الفتنة الطائفية لان الكنيسة لم تكن يوما كيان أو دولة داخل الدولة كما يدعى البعض الذي يريد أن يخلق الوقيعة بين الكنيسة والدولة وذلك لتحقيق أهداف خاصة به موضحا أن الكنيسة منفصلة فقط عن الدولة ماليا لأنها لا تأخذ إعانة من الدولة وبالتالي لا تدفع أي ضرائب لان القانون هو من يقر ذلك. وعن اعتراض الكنيسة على بعض الإحكام، قال عويضة أن هذا حق طبيعي وان الكنيسة عندما تقوم بذلك فهي تسير في القنوات الشرعية بالمحاكم وهذا حق مكفول للكنيسة كما هو مكفول للأزهر،مضيفا إذا كانت الدولة تريد فرض الرقابة المالية على الكنيسة فيجب أن تخصص لها إعانات مثلما تخصص للأزهر وبالتالي يتم تحقيق العدالة . واقترح عويضة إنشاء وزارة واحدة للأديان يتم الإنفاق منها على المساجد والكنيسة وذلك يعتبر شيء عادل بالإضافة إلى أن البابا لا يتقاضى راتبا من الدولة مثل شيخ الأزهر، مشيرا إلى أن الكنيسة دائما يتم الصلاة فيها من اجل الدولة ومن اجل الرئيس ومن اجل الشعب والبابا كان يستقبل رئيس الجمهورية عندما يأتي من السفر وكان يتقابل هو وشيخ الأزهر وكان يحترم قرارات الرئيس فكيف كانت الكنيسة تعمل كدولة داخل الدولة. وعن وجود أسلحة داخل الكنيسة، أكد عويضة أن من يقول ذلك هو شخص يريد خلق الفتنة الطائفية مضيفا أننا لن نجد في تاريخ مصر أو الباباوات مثل البابا شنودة الذي يتسم بروح السماحة والموضوعية والديمقراطية لان هذا الرجل يحب الوطن من كل قلبه وقد قال من قبل مقولته الشهيرة "مصر وطن لا نعيش فيه ولكن يعيش فينا" أما بالنسبة للتشريع المسيحي لا يحق لأي جهة أن تتدخل فيه لأنه شأن خاص بالكنيسة وقد قال رسول الإسلام محمد عليه الصلاة والسلام فليحكم أهل الكتاب بما يدينون وبالتالي فللأقباط الحق في الحكم بما يدينون. ومن جانبه، أكد ممدوح رمزي الناشط القبطي ومحامى الكنيسة القبطية أن الكنيسة مؤسسة من مؤسسات الدولة وخاضعة لها ولكنها ترفض رقابة الجهاز المركزي وذلك بسبب أن الكنيسة لا تأخذ حصة مثل الأزهر الذي يأخذ من المال العام وبالتالي لا يحق لأي جهة أن تخضع الكنيسة للرقابة المالية أو الحسابية فكيف يتم محاسبتها على أموال لا تأخذها من الدولة من الأساس، مضيفا أن الكنيسة تحصل على أموالها من تبرعات الأقباط . أما من ناحية الخضوع لسيادة الدولة، فقال رمزي إن الكنيسة مؤسسة من مؤسسات الدولة وليست مستقلة بذاتها مثل المساجد فهى تغلق وتفتح للجميع حسب تعليمات وقوانين الدولة بالإضافة إلى أن الكنيسة دار للعبادة وليست مستودع للأسلحة، مؤكدا على أن التآمر على الأقباط مرفوض، ووجه كلامه للمسئولين مطالبا بإنشاء وزارة للأديان نخضع كلنا لتلك الوزارة ونتعامل مثلما يعامل الأزهر وسوف نخضع لكافة أشكال الرقابة التي تريدونها". كما رفض رمزي تدخل الدولة في الشئون الدينية أو الشريعة المسيحية لأنها أمور عقائدية ليس من حق احد أن يفتى بها لأنها أمور داخلية خاصة بالعبادة ولا يصح أن يتدخل اى شخص بها، أما أمور القضايا العادية فان المحاكم هى المختصة بتلك الأمور ولكن ما يدور داخل المؤسسة الدينية المسيحية لا يحق لأحد التدخل فيها كما أن أمور تفتيش الكنائس التي يطالب بها البعض هو أمر مرفوض تماما من قبل الأقباط، متسائلا هل يتم تفتيش المساجد لكي تفتش الكنائس، مزيدا كفى تناحر واضطهاد للأقباط واعتبارهم مواطنين من الدرجة الثانية لأننا مصريين وأصحاب ارض ولم نأتي من دول أخرى ونحن نوافق تماما على خضوع الكنيسة لرقابة الدولة ولكن بشرط أن تعامل مثلما يعامل الأزهر . وفي السياق ذاته، أكد جمال اسعد المفكر القبطي أنه إذا أردنا حل تلك المشكلة ونتخلص من تلك الأقاويل والإشاعات وعلى رأسها الفتنة لابد أن يعامل كل المصريين بنفس الطريقة وبشكل واحد ويجب أن ننشى وزارة واحدة للأديان تقوم تلك الوزارة بالرقابة على المساجد والكنائس وكل المؤسسات الدينية بنفس الطريقة وإذا حدث ذلك فسوف نقضى على جميع القضايا المثارة الآن والتي تؤثر سلبا على مصلحة الوطن ويتم القضاء على كل الأقاويل والتصريحات التي من شانها اثارة الفتنة وتعرقل مصلحة البلد .