يعاني عدد كبير من قري محافظة قنا من تلوث المياه بسبب عدم نظافة المآخذ والمرشحات مما يؤدي إلي ارتفاع كبير في نسبة الأملاح خاصة المنجنيز الذي يسبب الفشل الكلوي والعديد من الأمراض. أكد أحمد فتحي أبوعيسي "عضو مجلس محلي المحافظة سابقا" ان كثيرا من قري مركز أبوتشت تشرب مياها ملوثة وقد أثبتت العينات التي تم اتخاذها من محطات الرفشة وكوم يعقوب وأبوشوشة وبخانس انها غير صالحة للاستخدام الآدمي وملوثة بمياه الصرف الصحي وسبق أكثر من مرة قيام الأهالي بقطع الطرق احتجاجا علي تلوث المياه. أوضح حمام علي عمر "عضو حزب الوفد" أن مآخذ مياه مرشح قرية العرب والنجاجرة بمركز الوقف تم إنشاؤه علي خور بنهر النيل وتكثر فيه الحشائش والهيش وقريب من مواسير الصرف الزراعي مما يرفع نسبة الأملاح بها. وقال محمد شحاتة من قوص: منذ أكثر من عام والأهالي بقريتي الكلالسة وحجازة بقوص يشتكون من تلوث المياه وكل ما فعله المسئولون هو إرسال لجنة من الصحة لأخذ عينات من المنازل والمرشحات أثبتت ارتفاع نسبة المنجنيز بالمياه وعدم صلاحيتها. إلا أنه لم تتخذ أي إجراءات لحل المشكلة. من جهته أكد الدكتور ممدوح أبوالقاسم وكيل وزارة الصحة بقنا انه يتم أخذ عينات دورية من كل محطات المياه مرة كل شهر علي الأقل أو عند ورود شكاوي من الأهالي ويتم إخطار المحافظة وشركة المياه والصرف الصحي بنتائج العينات وبعدها يتم تطهير المياه كيميائيا أو بكتريولوجيا.