صارالأمين باى وليا للعهد في تونس في بداية فترة حكم المنصف باى خلال الحرب العالمية الثانية، وكان قد تم احتلال تونس من قبل قوات المحور، واتخذ المنصف باى مواقف سياسية تعيد الاعتبار للسلطة التونسية وللمصالحة بين القصر والشارع، فحرصت السلطات الفرنسية على إزاحته، وتم الاتصال بولى عهده محمد الأمين لخلافته «زي النهارده» فى5 مايو 1943. واعتلى الأمين عرش تونس في الخامس عشرمن نفس الشهر ونتيجة ذلك اعتبر حكمه فاقدا للشرعية، وقد قضى السنوات الأولى من حكمه مرفوضا من الحركة الوطنية، كما اقتصردوره على التوقيع على الأوامرالتى تعرض عليه من سلطات الحماية، وكانت قد تشكلت في عهده سبع وزارات، كان آخرها وزارة الحبيب بورقيبة من 9 إبريل 1956 إلى 25 يوليو 1957، والتى جاءت على يدها نهاية العهد الملكى في تونس وبعد وفاة فرحات حشاد أمين عام الاتحاد العام التونسى للشغل، والذى كان أقرب الزعماء إلى القصر الملكى دخل صالح بن يوسف، الأمين العام للحزب الحر الدستورى الجديد، في صراع مفتوح مع الحبيب بورقيبة فانتهى الأمر بإزاحة بن يوسف ثم حصلت البلاد على استقلالها في 20مارس 1956وفى أغسطس 1956كان بورقيبة قد أجبر الباى على التخلى عن بعض أملاكه للدولةثم اتخذ المجلس القومى التأسيسى قرارابإلغاء النظام الملكى وإعلان النظام الجمهورى في 25 يوليو 1957ووضع الأمين باى وعائلته رهن الإقامةالجبريةثم أخلى سبيله في أكتوبر 1960 لينتقل للعيش في شقة بحى لافيات حتى يوم وفاته في 30 سبتمبر 1962.
