رفض الدكتور شوقي علام مفتي الديار المصرية أحكام الإعدام في قضية أحداث مسجد الاستقامة لضعف الأدلة ، وأثار غضب رئيس المحكمة بتعليقه على ضعف الأدلة التي استند إليها الحكم ، مما دفع القاضي لإعادة القضية إليه في سابقة قضائية نادرة الحدوث . وكان المفتي قد أعاد اوراق قضية مسجد الاستقامة إلى الدائرة الخامسة «إرهاب» بمحكمة جنايات الجيزة، وكتب في تقريره عبارة تقول " ما جاء بالدعوى من أقوال ضباط الشرطة وتحريات جهاز الأمن الوطنى لا يكفى لتكوين عقيدة الحكم بالإعدام على المتهمين فيها، باعتبار أن تلك التحريات لا تصلح أن تكون إلا رأيا، ومن ثم فإن القضية تعانى من ضعف فى الدليل " وأشعلت هذه العبارة غضب المستشار محمد ناجى شحاتة، رئيس المحكمة، الذي اعتبر مفتى الديار المصرية خرج عن إطار اختصاصاته بالخوض فى المسائل الفنية للدعوى دون التطرق للنواحى الشرعية ، فأعاد ملف القضية إليه دون إدخال أي تعديل عليه قاصدا إحراج المفتي . وبإمكان رئيس المحكمة أن يصدر حكما بإعدام المتهمين فى القضية، دون النظر إلى ما ورد بتقرير المفتى ، حيث أن رأي الإفتاء يمثل رأيا استشاريا وغير ملزم قانونا . ويتوقف مصير أحكام الإعدام في القضية على استقرار عقيدة القضاة بالإجماع على أحكام الإعدام وكانت المحكمة قد أحالت أوراق 14 متهما من قيادات وأعضاء جماعة الإخوان فى القضية إلى المفتي على رأسهم الدكتور محمد بديع مرشد جماعة الإخوان ومحمد البلتاجي القيادي بالجماعة وصفوت حجازي الداعية والإعلامي وباسم عودة وزير التموين السابق وعاصم عبد الماجد القيادي بتحالف دعم الشرعية والقيادي عصام العريان، والحسينى عنتر، ومحمد جمعة حسن، وعصام رجب رشوان «محبوسين» ، وعدة متهمين هاربين هم عزت جودة، وعزب مصطفى، وعبد الرزاق محمود، ومحمد على طلحة وأنور شلتوت ، وذلك لاتهامهم بقتل 9 أشخاص والشروع فى قتل 21 آخرين، إضافة إلأى تهم الانضمام لجماعة أُسست على خلاف القانون تهدف لتكدير الأمن والسلم العام، والإضرار العمدى بالممتلكات العامة وحيازة أسلحة وذخيرة والتجمهر.