أمر النائب العام المستشار هشام بركات بإحالة 68 شخصا من العناصر الإرهابية شديدة الخطورة، على رأسهم محمد الظواهري، شقيق أيمن الظواهري، القيادي بتنظيم القاعدة، إلى محكمة الجنايات لقيامهم بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابي يهدف إلى تكفير سلطات الدولة وإسقاط نظام الحكم بالقوة إضافة إلى الاعتداء على ضباط وأفراد الشرطة ومنشآت وممتلكات الدولة واستهداف الأقباط ودور العبادة وارتكاب أعمال إرهابية تهدف إلى نشر الفوضي بالبلاد. وكشفت تحقيقات النيابة أن الظواهري استغل التغيرات التي طرأت على المشهد السياسي بالبلاد وعاود نشاطه في قيادة تنظيم الجهاد وإعادة هيكلته وربطه بتنظيمات إرهابية داخل البلاد وخارجها وتمكن من إنشاء جماعة متطرفة وإمدادها بالأسلحة النارية ووضعها على أهبة الاستعداد لمواجهة الدولة حال تصاعد الاحتجاجات ضد المعزول محمد مرسي. كما أنه تمكن بمعاونة الإرهابي نبيل محمد عبد المجيد المغربي وآخرين من إعداد المنتمين إليهم فكريا وحركيا وتدريبهم عسكريا عن طريق تنظيم اجتماعات سرية بعدد من المدن والمحافظات وأسند إلى كل فرقة مهام للقيام بها عن طريق تصنيع المتفجرات وزرع القنابل واستهداف منشآت عسكرية. وتوصلت التحقيقات إلى أدلة قاطعة في اعتراف 25 متهما اعترافا تفصيليا بارتكاب جرائم وتأسيس جماعة إرهابية على خلاف القانون لتنفيذ عمليات إرهابية بشتى المدن والمحافظات لإشاعة الفوضى وزعزعة أمن واستقرار البلاد.