محمد الشامي فازت جامعة المنوفية بجائزة الدولة في العلوم البحثية والتطبيقية لعام 2012. والتي تمنحها أكاديمية البحث العلمي كانت الجامعة قد سبق لها التقدم بأحد الأبحاث العلمية ضمن 46 بحثا على مستوى الجامعات والمراكز البحثية المختلفة. كما أشار د احمد زغلول رئيس الجامعة إلى حصول الجامعة على عدة جوائز مختلفة على مدار الثلاث سنوات السابقة لشباب الباحثين والأساتذة العاملين تحت مظله جامعه المنوفية . و منها جائزة د. فينيس كامل جودة لشباب الباحثين في مجال العلوم للابتكارات العلمية وأكاديمية البحث لعام 2012، وجائزة الدولة التشجيعية لعام 2010 من الدولة وجامعة المنوفية،و جائزة أكاديمية البحث العلمي لشباب الأطباء في مجال التغذية 2010، وجائزة المنوفية للنشر العلمي الدولي، بالإضافة لتسجيل أبحاث الجامعة في أشهر الموسوعات العلمية العالمية ومنها موسوعة " ماركيز" العالمية لعام 2011 ، 2012، والتسجيل ضمن أعلى 100 عالم في العالم لعام 2011، وأفضل 100 معلم لعام 2012 وذلك من معهدIBC الدولي في كامبردج.