يواجه مشروع الصكوك الإسلامية السيادية الذي أعدته وزارة المالية العديد من المشكلات، بخاصة أن بنوده تثير العديد من الجدل داخل الأوساط الاقتصادية. ويقول هشام توفيق عضو مجلس إدارة البورصة: "إننى قرأت مشروع قانون الصكوك الإسلامية الذي عرض على مجلس الوزراء، وأرى كمتخصص في الاستثمار أن أغلبية مواد القانون مصممة لتمويل مشروعات إما زراعية أو صناعية أو خدمية أو لتمويل التجارة، وهي كلها من اختصاص القطاع الخاص، وليس الحكومة". وبالتالى والكلام له فإن إقحام الحكومة في المادة 5 من القانون كمصدر للصكوك (مقترض) على أن "تستخدم الحصيلة في دعم الموازنة العامة للدولة والمساهمة في تمويل وتطوير المشروعات التي يحددها مجلس الوزراء وغيرها من المصارف". وأوضح أن المادة 7 من القانون أعطت الحق لرئيس الجمهورية تحديد الأصول الثابتة المملوكة للدولة التي تصدر مقابلها الصكوك، كما فتحت المادة 8 الأجل "لمدة تأجير أو تقرير حق الانتفاع بالأصول الثابتة التي تصدر مقابلها الصكوك السيادية ل60 عاما". ويوضح أحمد فؤاد خبير الاستثمار الإسلامي أن تدشين صندوق لا يفرق كثيرا فى الهدف المخصص له، وهو ضمانة ملكية الصك لحامله والتخفيف من الأعباء التى تتعرض لها قيمة الصك حال خسارته، مشيرا إلى أن صيغة المشاركة هى الأكثر ارتفاعا للمخاطر سواء التى يتحملها العميل أو الجهة المصدرة أيا كانت سواء سيادية أو خاصة، مشيرًا إلى أن تأسيس صندوق لحماية المستثمرين، وهو الفرق بين الصكوك كأداة إسلامية تقوم على مبدأ الربح والخسارة وبين السندات التقليدية ذات العائد المضمون. وأضاف أن صيغ التمويل الإسلامى تحتمل الخسارة والمكسب، ولا تحصن العميل من أى مخاطر، إلا أن الصندوق المذكور فى القانون يعد بمثابة ضمانة للمستثمرين، مشيراً إلى أن الصكوك التى تطرحها الحكومة مضمونة من الحكومة ذاتها، كما أن العميل أو المكتتب عليه أن يتحمل الأعباء والخسائر والأرباح ولا يوجد ما يضمن استثماراته بخلاف دراسات الجدوى التى يعدها القائمون على المشروع. وأشار إلى أن هناك العديد من المواد الخلافية التى يعترض عليها الأحزاب وخبراء المصرفية الإسلامية وتتطلب توضيحاً لكيفية تطبيقها. وفجر محسن عادل نائب رئيس الجمعية المصرية لدراسات التمويل والاستثمار مفاجأة من العيار الثقيل، حيث أوضح أن مسودة القانون لا تتضمن شرطا بأن يتم إجراء أي تصنيف ائتماني للصكوك السيادية وهو أمر يثير الدهشة، خصوصًا وأن تصنيف مثل هذه الأدوات أمر بديهي وعنصر أساسي في تقييم القرار الاستثماري للمتعاملين عليها. ويوضح أن شهادة التصنيف الائتماني تعطي مقياسًا لتقدير مدى قدرة الجهة المقترضة على الوفاء بالتزاماتها في مواجهة المقرضين أو بمعنى آخر مخاطر عدم سداد المقرض (مصدر السند) في الوفاء بالتزاماته (قيمة القرض وفوائده) للمقترض (حامل السند)، وذلك حتى يسهل لها الحصول على التمويل الذي تريده من خلال الأسواق المحلية أو الخارجية، وذلك لاعتماد كثير من الجهات الممولة (منشآت أو افراد) في معرفة التصنيف الائتماني للجهة طالبة القرض أو مصدرة السند كذلك يساعد المقرض في تحديد خياره في شراء السند من عدمه و تحديد الحكم في مستوى إدارة المنشأة وجودتها وفعاليتها في تسيير أمور المنشأة. ويشدد على أن يتضمن مشروع القانون شرطا بإدراج شهادة بالتصنيف الائتمانى للإصدار من إحدى وكالات التصنيف المعتمدة لدى الهيئة العامة للرقابة المالية والذى يجب ألا تقل درجته عن المستوى الدال على الوفاء بالالتزامات الواردة بنشرة الاكتتاب العام أو مذكرة المعلومات، وذلك فى الحالات التى تتطلب طبيعة الصك ذلك، وأن يتم مراجعة التصنيف مرتين سنويا إذا كانت الجهة المصدرة إحدى الشركات المساهمة أو التوصية بالأسهم، إلى جانب تكوين جماعة لحملة الصكوك ورفع الحد الأقصى للعقوبات التي نص عليها القانون.