أصدر المجمع المقدس للكنيسة القبطية الارثوذكسية عدداً من القرارات التنظيمية عقب الاجتماع الذى عقده برئاسة البابا تواضروس الثانى بابا الاسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية وسكرتارية الانبا رافائيل سكرتير المجمع المقدس فى حضور 97 عضوًا من اعضاء المجمع.. وذلك فى القاعة الكبرى بالكاتدرائية المرقسية بالعباسية. فقد وافق المجمع على تعديل المادة (56) من لائحة المجمع باختيار البابا الجديد لتنص على انه «فى حالة خلو الكرسى يتولى القائم مقام البابا البطريرك جميع اختصاصات البابا البطريرك المقررة بمقتضى احكام القوانين واللوائح العامة ولائحة المجمع المقدس، ووفقًا للقواعد والتقاليد الكنسية الى حين سيامة بابا جديد». ولا يجوز له رسامة آباء اساقفة الا اذا استمر خلو الكرسى اكثر من ثلاث سنوات، وبموافقة 80% من اعضاء المجمع على المبدأ وعلى المرشح للسيامة وذلك فى حالات نياحة مطران او اسقف ايبارشية وبما لا يزيد على 5% من اعضاء المجمع وقت خلو الكرسى ولا يجوز له انشاء ايبارشيات جديدة او تقسيم ايبارشيات قائمة او سيامة اساقفة عامين. كذلك اعترف المجمع المقدس بدير الانبا مكاريوس السكندرى بجبل القلالى ويقع فى نطاق ايبارشيه البحيرة وتوابعها. وقال المجمع انه لا يجوز لأى كاهن سيم على كنيسة قبطية ارثوذكسية فى مصر ان يقيم خارج مصر بعيداً عن كنيسته او الايبارشية التى سيتم عليها الا بموافقة اسقفة و قداسة البابا البطريرك وموافقة اسقف الايبارشية التى سيتعين فيها ومن يخالف يقع تحت طائلة العقوبة الكنسية ونفس المبدأ يطبق على الانتقال من دولة الى اخرى خارج مصر.