رغم التقرير الذى قدمته اللجنة الثلاثية التى كلفت من المجمع المقدس لبحث مشكلة دير أبومقار بوادى النطرون، إلا أن المجمع لم يحسم أمره وقال الأنبا بولا أن الدير كان يتبع البابا شنوده الثالث بعد استقالة الأنبا ميخائيل فى عام 2009 لظروف خاصة وبعد رحيل البابا يصبح الدير تحت إشراف القائمقام الأنبا باخوميوس، وله الحق فى الاستعانة بمن يشاء فى إدارة شئون الدير. وأضاف الأنبا بولا أن اللجنة والتى يرأسها الأنبا هدرا أسقف أسوان والأنبا متاؤس، أسقف دير السريان، والأنبا يسطس أسقف دير الأنبا أنطونيس سوف تشرف على الدير لحين إصدار قرار نهائى لإدارة الدير. وحول ما تقدم به عدد من رهبان الدير بطلب عودة الأنبا ميخائيل للإشراف، أضاف الأنبا بولا أن الأنبا ميخائيل شيخ المطارنة وبركة الكنيسة ولا يوجد صراع أو منافسة على إدارة الدير، والأمر الآن فى يد الأنبا باخوميوس القائمقام. الجدير بالذكر أن مشكلة دير أبو مقار بدأت فى التصاعد بعد أن وقع الرهبان على طلب بعودة الأنبا ميخائيل للإشراف على الدير فى الوقت الذى رفض فيه عدد قليل من الرهبان عودته فتم تشكيل لجنة ثلاثية لبحث مشكلاته.