أثارت بعض المواد فى المبادئ العامة التى اقترحتها وزارة التعليم العالى، لقانون تنظيم الجامعات الجديد، اعتراض المجلس الاستشارى للتعليم العالى، الذى أعلن رفضه لعدد من هذه المواد. ومن أبرز نقاط الجدل المبدأ الثالث، الذى يحدد مهام أطراف منظومة التعليم العالى فى مصر، والذى يتضمن استبدال المجلس الأعلى للجامعات بالمجلس الأعلى للتعليم العالى، رغم مطالبة أعضاء التدريس بإلغاء ذلك المجلس من أساسه، بالإضافة للمبدأ السادس الذى يعتبر أن "التعليم العالى مسئولية الدولة والمجتمع معا" ويقصر مجانية التعليم العالى على الأعداد التى تحددها الجامعات والطلاب المؤهلين علميا على أن يشارك المجتمع المدنى فى الدعم بإنشاء مؤسسات تعليم أهلية. كما يقصر المبدأ الثامن الخاص بطرق اختيار القيادات الجامعية، مشاركة أعضاء التدريس فقط فى الاختيار واستبعاد أعضاء هيئة التدريس المعاونة من المعيدين والمدرسين المساعدين، كما يفتح الباب أمام تعيين رؤساء جامعات من خارج جامعاتهم، حيث ينص "يكون شغل الوظائف الإدارية العليا رئيس مؤسسة تعليمية ،نائب رئيس جامعة، عميد كلية أو معهد، وكذلك الوكلاء بالإعلان ويشترط فيمن يتقدم لشغل المنصب مرور 3 أعوام على حصوله على درجة أستاذ وتشكل لجان الاختيار بالانتخاب داخل الكليات من كافة أعضاء التدريس، وتحدد اللائحة الداخلية للجامعة عدد نواب رئيس الجامعة". وتشير المادة التاسعة إلى تقنين أسلوب تقييم أداء القيادات الجامعية عن طريق تشكيل مجالس أمناء للجامعات، وهى المجالس التى سبق ورفضها المجتمع الجامعى حتى لا يغلب عليها رجال الأعمال ممن لهم مصالح مباشرة مع الجامعة، كما تنص المبادئ على رفع القيادات الجامعية تقريرا سنويا لتلك المجالس. ويرى المجلس الاستشارى، أن أخطر ما فى المشروع على الإطلاق يتركز فى القاعدة الحادية عشر، التى تأتى تحت عنوان ضمان مستوى علمى متميز لهيئة التدريس وتنص فى متنها على أن يتضمن الهيكل العلمى للقسم الدرجات العلمية التالية "أستاذ وأستاذ مشارك وأستاذ مساعد" ويعلن عن الأماكن الشاغرة فى الهياكل الأكاديمية للأقسام بمايسمح بتنوع واختلاط المدارس العلمية، ويتم الإعلان عن الأماكن الخالية فى الهيكل الأكاديمى. وتسببت رؤية وزارة التعليم العالى المقترحة لقانون تنظيم الجامعات الجديد، فى إثارة جدل واسع بين أعضاء المجلس الاستشارى للتعليم العالى لتشابهها مع مشروع القانون الموحد لتنظيم الجامعات الذى حاول وزير التعليم العالى الأسبق هانى هلال فرضه من قبل، ورفضته جموع أعضاء هيئة التدريس. وأعلن الدكتور عادل عبد الجواد رئيس المجلس الاستشارى رفضه جزءاً كبيراً من بنود المبادئ التى أعدتها وزارة التعليم العالى والمجلس الأعلى للجامعات، مؤكدا أن أعضاء هيئة التدريس هم أصحاب القرار فى كل ما يتعلق بشؤونهم من تشريعات أو ضوابط بداية من مرحلة المبادئ الاسترشادية لقانون تنظيم الجامعات، مروراً بوضع مواد القانون الجديد وصولاً إلى مرحلة صياغة القوانين بما يضمن تحقيق طموحات أعضاء هيئة التدريس والهيئة المعاونة. مؤكدا أن المبادئ التى تم عرضها من الوزارة يمكن تغييرها بالكامل طبقاً لرأى أعضاء هيئة التدريس والمدرسين المساعدين والمعيدين. وأضاف أن هناك بعض الأفكار غير المقبولة فى وثيقة المبادئ التى طرحتها الوزارة ولن يصلح تطبيقها نهائيا، فى المرحلة الحالية حتى لو تم تطبيقها فى معظم جامعات العالم لظروف المجتمع المصرى وعلى رأسها، التخلى عن تعيين المعيدين وتعيين أعضاء التدريس فقط بالإعلان والاقتصار على هيكل محدد للأقسام العلمية.
