علق الشيخ خالد الجندى عضو المجلس الأعلى للشئون الإسلامية، على السباب الذى وجهه له الدكتور سيد القمنى، بأنه يتمنى أن يتعلم الناس أدب المناظرة والحوار، كما ورد فى الكتاب والسنة، لأن الإسلام لا يهاجم ولا يدافع، بل يبين ويوضح بالحكمة والموعظة الحسنة، وأن ذلك هو الطريق الأمثل لنشر رسالة المحبة التى جاء بها رسول الله صلى الله عليه وسلم. وأوضح الجندى، أنه ليس القصد من هذه المحاورات الدفاع عن ديننا، مؤكدا أن الدين لا يحتاج إلى دفاع، وهو أرقى وأقوى من أكاذيب الضالين والمغرضين، أيا كانت مواقعهم، ولعل هذه المحاورة تبعث برسالة إلى الذين يخافون من الإسلام، وتصحح الكثير من المفاهيم. كان الدكتور سيد القمنى قد وجه سبابا للشيخ خالد الجندى رئيس قناة أزهرى، ناعتا إياه بكلمة "عبيط" على الهواء خلال برنامج المجلس، على قناة أزهرى مساء الاثنين، وذلك أثناء مناظرة بين الاثنين على قناة أزهرى. فيما قال محمد عامر رئيس تحرير البرنامج، إن الحضور فوجئوا بتوجيه الدكتور سيد القمنى السباب إلى كل من الشيخ خالد الجندى والدكتور فاضل سليمان، بعد أن طالب الجندى القمنى بالكف عن الحديث عن الدين، وهو ما أثار غضب الأخير ووجه له السباب وانسحب من البرنامج على الهواء. كان قد أعلن الشيخ خالد الجندى، عضو المجلس الأعلى للشئون الإسلامية، موافقته على مناظرة الدكتور سيد القمنى على شاشة قناة أزهرى الفضائية، حيث أن المناظرة تنحصر فى ادعاء الدكتور سيد القمنى بأحقية الإنسان فى أن يكون ملحدا بعد إسلامه، وزعمه بأن القرآن والشريعة غير صالحين لكل زمان ومكان.