وجه جمال أسعد، المفكر القبطى اتهامات للقس مكارى يونان بالإساءة للمسيحية، كما دعا لمحاكمته مع آخرين بتهمة تهديد السلم الاجتماعى فى مصر على خلفية تصريحاته التى زعم فيها أن الاسلام انتشر فى مصر ب"الرمح والسيف". وقال أسعد ل"اليوم السابع":" هذه الممارسات وتلك التصرفات تؤكد بما لا يدع مجالا للشك أن هؤلاء وأولئك متاجرون بالأديان ولا علاقة لهم بالأديان من قريب أوبعيد ". واعتبر أسعد أن مكارى يونان أجهض الموقف المصرى الوطنى الذى اتخذه مسلمو مصر ضد سالم عبد الجليل بعد تصريحه ب"تكفير المسيحيين"، وأضاف :" أمثال هؤلاء الذين يكفرون الآخر هم يدافعون عن مصالحهم الخاصة حيث يختلقون عدوا وهميا ليستفزوا اتباعهم لينصبونه زعيما". وأضاف :"مكارى يونان يسعى دائما إلى الشعبية المتخيلة، حيث يدعى أنه يخرج الشياطين والعفاريت بطريقة بهلوانية لا علاقة لها بالمسيحية وسبق أن اعترض الانبا بيشوى على هذا السلوك وطالب الكنيسة بأن تحاسبه ثم نفاجأ به يقول إن الإسلام انتشر بالسيف والرمح ". وتابع :"بعد الموقف التاريخى الذى اتخذه الشعب المصرى من تصريحات سالم عبد الجليل يأتى الرجل ليتصور انه يرد بطريقة غير مباشرة من خلال الإساءة للإسلام فهل هذه هى الدعوة الى الله ؟!". ودعا أسعد الكنيسة المصرية لاتخاذ إجراءات ضد مكارى يونان وقال :" انتفض الأزهر والأوقاف ضد سالم عبد الجليل لأنه يمثل المؤسسة الدينية وهذه هى أول مرة يقوم أحد المنتمين للكنيسة وهو كاهن الكاتدرائية القديمة فى كلوت بك بالإساءة للإسلام ولابد ان تتخذ الكنيسة موقفا ضده ". وتابع :"أقر الله فى كل الأديان أنه هو الذى يحاسب البشر والتعددية الدينية تؤكد العلاقات الإنسانية منذ ان خلق الله ىدم و لو كانت العلاقات بين الأديان صراعا واقتتالا ما بقيت البشرية ".
