رغم الحملات الدعائية التى تطلقها الشركات المطورة لتطبيقات التراسل الفورى ومدى قوة التشفير الذى تتمتع به هذه التطبيقات والمستوى الأمنى الكبير الذى توفره، إلا أن هذه التطبيقات لم تسلم من بعض الثغرات التى انتهكت تشفيرها والتى نرصدها كما يلى: خدمة iMessage كشف بحث جديد أجراه فريق فى جامعة جونز هوبكنز عن أن هناك مشاكل فى طريقة تشفير أبل لخدمة iMessage، والتى يمكن أن تسمح للهاكرز بالكشف عن محتوى سجل الرسائل السابق للمستخدم، والوصول إلى الرسائل المشفرة وفك تشفيرها بكل سهولة، حيث يمكن أن يترتب على هذه الهجمات قدرة أى طرف للوصول إلى النص المشفر الإلكترونى وفكه عن بعد. خدمة واتس آب كشفت شركة Comodo Labs الأمنية عن بعض التهديدات التى يتعرض لها تطبيق واتس آب، حيث ذكر موقع BGR الأمريكى، أن هناك العديد من الهجمات التى يقوم بها الهاكرز من خلال بعض البرمجيات الخبيثة التى تستهدف الشركات والمستهلكين، وتحاول إقناعهم بالضغط على الروابط التى تظهر داخل الرسالة، وبمجرد الضغط عليها يتم اختراق الحساب والاطلاع على الصور الرسائل، كذلك فقد تمكن القراصنة من استخدام الإيموشنز لتعطيل حسابات المستخدمين، من خلال إرسال الآلاف منها فى رسالة واحدة، مما يؤدى إلى تعطيل التطبيق وشبكة الإنترنت على الهاتف الذكى. خدمة تليجرام كما أعلن باحثان أمنيان عن ثغرة فى تطبيق "تيليجرام" تتيح للهاكرز إرسال رسائل بأحجام كبيرة ما يؤدى إلى تعطيل أجهزة المستخدمين، حيث يمكن التحايل على بعض القيود الخاصة بالبرنامج بسهولة بسبب وجود خطأ برمجى يسمح للمُرسل بالتحكم فى حجم الرسائل وإرسال رسائل للمستقبل بطول أكثر من المسموح، ما يؤدى إلى تعطل هاتف المتلقى عن العمل.
