دفعت المتابعات الإعلامية والصحفية المختلفة التى تناولت أسباب وفاة المفكر الدكتور نصر حامد أبوزيد ووصفتها بالأسباب الغامضة، أسرة الراحل الكبير إلى إصدار بيان جديد اليوم الأربعاء، بعد بيانها الأول الذى صدر يوم الوفاة، تؤكد فيه على أن أسباب وفاة نصر حامد أبوزيد نتيجة وعكة صحية أثناء رحلة علمية بحثية فى أندونيسيا نتيجة التهاب فى غشاء المخ. جاء نص بيان الأسرة كالتالى "لقد طالعتنا الصحف ووسائل الأعلام بالكتابة عن "الفيروس الأندونيسى الغامض" الذى أدى إلى وفاة الباحث المفكر نصر حامد أبو زيد، وبكل أسف استفاد من هذا الغموض أعداء التفكير العملى الحر، لبثّ مزيد من الخرافات التى أمضى الدكتور أبو زيد حياته فى محاربتها دفاعًا عن المعرفة فى مواجهة الجهل، ودفاعًا عن الحرية فى مواجهة الخوف، ودفاعًا عن الانفتاح على الحياة ضد أولئك الذين يريدون إغلاق كل المنافذ لتأبيد سيطرتهم. لذلك فإن زوجة الدكتور نصر أبو زيد، الدكتورة ابتهال يونس وعائلته، وأصدقاؤه ومحبّوه يوضحون أن الدكتور نصر حامد أبو زيد أستاذ الدراسات الإسلامية فى جامعتى القاهرة وليدن (هولندا) وأستاذ الإنسانيات فى جامعة أوترخت (هولندا( أصيب بوعكة صحية أثناء رحلة علمية بحثية فى إندونيسيا، ولأنه كان قد قرر قضاء العطلة الصيفية إلى جانب زوجته وعائلته، فقد انتقل إلى مصر من إندونيسيا. أُدخل المستشفى بتاريخ 26/5/2010 حيث تبين أنه مصاب بالتهاب فى غشاء المخ. وعلى الرغم من كل محاولات إنقاذه، تدهورت حالته الصحية، ونُقل إلى العناية المركَّزة بتاريخ 8/6/2010 وتوفى فجر يوم 5/7/2010 بسبب هبوط حاد فى عمل الجهاز التنفسى والدورة الدموية ودفن فى مصر، وفى طنطا التى ينتمى إليها. ويتم تقبل العزاء يوم السبت فى العاشر من يوليو، فى جامع عمر مكرم فى ميدان التحرير – القاهرة.