تواجه وزارة الشباب والرياضة، أزمات متعددة مع 5 اتحادات رياضية بشكل مستمر، لتصل هذه الأزمات إلى النيابة العامة والمحاكم بسبب أخطاء إدارية فادحة بالإضافة إلى صراعات بين أعضاء المجلس، وتسبب هذه الأزمات تدخل من اللجنة الثلاثية برئاسة حسن مصطفى رئيس الاتحاد الدولى لكرة اليد، حتى يبتعد خالد عبد العزيز وزير الرياضة عن فزاعة التدخل الحكومى التى يستخدمها بعض الاتحادات للإفلات من قرارات حل مجلس الإدارة، وتعتبر أشهر هذه الاتحادات هم اتحاد الكرة، واتحاد الجمباز، واتحاد السلاح واتحاد التنس الأرضى، واتحاد المصارعة. "الفيفا" ينقذ الجبلاية من التخبط الإدارى تعددت أخطاء اتحاد الكرة منذ فترة تولى مجلس جمال علام فى عام 2012، وآخرها فضيحة السنغال التى قام فيها وزير الرياضة بتشكيل لجنة للتحقيق فى الملف قبل تحويل الملف إلى النيابة العامة ولجنة القيم والإخلاق بالاتحاد الدولى لكرة القدم "الفيفا"، خاصة أن الوزير لم يتمكن من إصدار قرار بحل مجلس الجبلاية خوفا من إيقاف النشاط الرياضى فى مصر من قبل الفيفا، خاصة أن قرار الحل يجب أن يكون بقرار من المحكمة أو إثبات وجود مخالفة مالية من النيابة العامة. المحكمة تنتصر للمياء صقر قضت محكمة القضاء الإدارى بمجلس الدولة ببطلان قرار وزير الشباب والرياضة بحل مجلس إدارة اتحاد الجمباز برئاسة لمياء صقر وتعيين لجنة مؤقتة برئاسة الدكتور علاء حامد، الذى أكد أنه فى حالة عودة المجلس السابق سوف يحكم على مستقبل لعبة الجمباز بالإعدام. السلاح يخالف القانون اتحاد السلاح لم يعقد الجمعية العمومية العادية وفقا للائحة والقانون لمناقشة الميزانية والحساب الختامى عن العام المالى الماضى، بسبب فشل اجتماع المجلس لجلستين متتاليتين شهرى أغسطس ويوليو لمقاطعة اعضاء المجلس مما تسبب فى عدم إقامتها، مما أدى إلى عقد وزير الرياضة عدد من الجلسات مع مجلس الإدارة لمنحهم فرصة أخيرة فى لم الشمل قبل تحويل الملف للجنة الثلاثية لإصدار قرار بحل مجلس الإدارة. التنس يشكو وزير الرياضة للاتحاد الدولى أصدر وزير الشباب والرياضة قرارا بتعيين مجلس إدارة مؤقت لاتحاد التنس برئاسة إسراء السنهورى لمدة عام أو أقرب جمعية عمومية، تنفيذا للحكم القضائى الذى استوجب عدم اعتماد نتيجة الانتخابات التى فاز بها مجلس السنهورى، ورغم تعيينها رئيسة للمجلس المعين، ولكن إسراء السنهورى أكدت أن وزير الشباب والرياضة، لم يحترم أسرة التنس بعد إصدار قرار بتعيين مجلس الإدارة الجديدة، وأن الوزير يريد تطفيشها وتدمير اللعبة، خاصة أن الأعضاء ليس على وفاق مع بعضهم وهو أمر يعوق عقد اجتماعات مجلس الإدارة، وأنها سوف تتقدم بشكوى للاتحاد الدولى للعبة واللجنة الثلاثية برئاسة الدكتور حسن مصطفى. المصارعة تدمر أسطورة كرم جابر تسبب التخبط الإدارى لاتحاد المصارعة، برئاسة حسن الحداد، فى تدمير أسطورة كرم جابر المصارع الأولمبى بعد اختفاء اللاعب بسبب إيقافه من الاتحاد الدولى بسبب خطأ إدارى من مسئولى الاتحاد، ولم يتمكن المجلس للوصول إلى كرم جابر بعد مخطابته 4 مرات لإعادة المبلغ الذى تسلمه لإقامة المعسكر الذى أقامه بأمريكا وتم إلغاؤه بعد قرار إيقافه من جانب الاتحاد الدولى لمدة عامين، إلا أنه لم يرد وتجاهل الأمر، مما دفع الاتحاد بتحويل الأزمة إلى وزارة الرياضة لاتخاذ القرار المناسب.
