قال الأنبا يوأنس القائم بأعمال مطرانية أسيوط، خلال مراسم دفن الأنبا ميخائيل مطران أسيوط وشيخ المطارنة، إن الأنبا ميخائيل أوصى ب4 وصايا، وهى أن يدفن مباشرة بعد موته ولهذا السبب لم يترك ثلاثة أيام لإلقاء النظرة الأخيرة عليه، وأوصى ألا يزيد نعيه عن 50 كلمة حفاظا على أموال الكنيسة وألا ينشر له أى شخص نعى بالصحف، ويتم التبرع بالمبالغ لصالح فقراء الكنيسة وأن يتم دفنه فى دير السيدة العذراء بكنيسته بالدير. وأضاف الأنبا يوأنس فى تصريحات له، أن الأنبا ميخائيل كان خادما للكنيسة ولأبناء الكنيسة وقضى عمره كله فى ذلك.