حل اليوم الذى سيرحل فيه عمر مكرم من القاهرة إلى دمياط تنفيذا لقرار "محمد على باشا" بنفيه، كان الرحيل فى مثل هذا اليوم "12 أغسطس 1809"، ويصف "الجبرتى" مشهد الرحيل قائلا: "اجتمع المودعون للسيد عمر، ثم حضر محمد كتخداى الألفى الذى عهد إليه اصطحابه إلى المنفى، وعند وصوله قام السيد عمر وركب فى الحال وخرج بصحبته، وشيعه الكثيرون من المتعممين وغيرهم وهم يتباكون حوله حزنا على فراقه، واغتم الناس لسفره وخروجه من مصر؛ لأنه كان ركنا وملجأ ومقصدا للناس لتعصبه لنصرة الحق، فسار إلى بولاق، ونزل فى المركب، فسافر من ليلته بأتباعه وخدمه الذين يحتاج إليهم إلى دمياط". لم يكن رحيل "عمر مكرم" إلى المنفى هو نهاية هذا الفصل الدرامى فى مؤامرة نفى "الشيخ الثائر"، حيث ذهب "شيوخها" إلى "الباشا" ليتقاضوا الثمن، كما بدأوا حربا منظمة لتشويه "عمر مكرم" لتكون لديهم حجة يواجهون بها الناس، وكما يقول "الجبرتى" الذى عاصر هذا الحدث، فإن الشيخ "محمد المهدى" أحد المتآمرين ذهب إلى "محمد على" صبيحة سفر "عمر مكرم" يطلب منه الوظائف التى كان يشغلها "عمر" فأنعم عليه "الباشا" بنظر أوقاف الإمام الشافعى ووقف "سنان باشا" ببولاق، وطلب ما كان منكسرا له من راتبه من الغلال نقدا أو عينا مدة أربع سنوات، فأمر "محمد على" بدفعها إليه نقدا من خزانة الحكومة وقدرها 25 كيسا، وذلك كما يقول الجبرتى: "نظير اجتهاده فى خيانة السيد عمر". أما عن مسألة تشويه السمعة فتمثلت فى أغرب فعل لجأ إليه الشيوخ، حيث قاموا وفقا لكتاب "عصر محمد على" ل"عبد الرحمن الرافعى" بكتابة عريضة اعتزموا إرسالها إلى الأستانة يبررون فيها عزل عمر مكرم من نقابة الأشراف، فنسبوا إليه إدخاله فى دفتر الأشراف أسماء أشخاص ممن أسلموا من الأقباط واليهود، وأنه قبض من محمد بك الألفى مالا ليمكنه من حكم مصر وقت قيام الجمهور ضد "خورشيد باشا"، وتواطأ مع الأمراء المماليك حين شرعوا فى مهاجمة القاهرة يوم الاحتفال ب"وفاء النيل" عام 1805، وأنه أراد أخيرا إحداث فتنة ليخلع "محمد على" ويولى خلافه. طاف "شيوخ المؤامرة" بالبيان على زملائهم ليوقعوا عليه، فامتنع الكثير منهم وقالوا: "هذا كلام لا أصل له"، وبعد مشادات خففوا ما كتبوه أملا فى الحصول على التوقيعات المطلوبة، لكنهم لم ينجحوا فى مسعاهم، وكان من أبرز الرافضين للتوقيع الشيخ "أحمد الطحطاوى" مفتى الحنفية، فسخط الشيوخ عليه وهددوه بعزله من منصبه، لكنه لم يعبأ وتم عزله بالفعل، وولوا بدلا منه الشيخ حسين المنصورى، ويقول الجبرتى: "استمر السيد "الطحطاوى" يقبح عمل الشيوخ، واعتزلهم واعتكف فى داره، وهم يبالغون فى ذمه والحط منه لكونه لم يوافقهم على شهادة الزور، فكان عمله حجة بالغة على نفاق الشيوخ وريائهم.
