استمرت عقب ثورة 25 يناير نفس السياسات القديمة فى التعامل مع الفتن الطائفية من منظور أمنى فقط، الأمر الذى اعتبره إسحق إبراهيم الباحث فى المبادرة المصرية للحقوق الشخصية "علاجا قاصرًا وسطحيا وغير قانونى ويعفى المعتدين من المسائلة القانونية". وتابع إبراهيم: مسئولية الفتن الطائفية تقع فى المقام الأول على الدولة ورئيس الجمهورية، لأنه المسئول سياسيا والنائب العام والقيادات التنفيذية لعدم تطبيق القانون، مضيفا أن التوترات الطائفية عقب الثورة زادت لعدة أسباب أولها: المناخ العام قبل الثورة به توتر طائفى، ووصول الإسلاميين إلى السلطة وقيامهم بمغازلة أتباعهم ومؤيديهم، فضلا عن عدم التصريح ببناء الكنائس وترميمها، وفكرة العقاب الجماعى للأقباط، والاستخدام السياسى من السلطة لملف الأقليات الدينية كورقة ضغط عليهم، على حد قوله. يرى المفكر القبطى كمال زاخر، أن الفتنة الطائفية فى مصر عقب ثورة 25 يناير أصبحت على أرضية دينية وليست سياسية، فعندما يصرح حازم صلاح أبو إسماعيل بأنه يدعو لحشد جماهيرى لكل التيارات التى تدعو لإجهاض المشروع الإسلامى، وقال لو تم إجهاضه سنتحرك ضد الجيش، فهذا يؤكد أن ما يحدث ضد الأقباط جزء من محاربة كل العقبات المخالفة لرؤيتهم. وأضاف زاخر، أن كلمة فتنة هى محاولة لإيجاد غطاء سياسى لاستهداف الأقباط وهناك خطة ممنهجة لتفريغ المنطقة من المسيحيين وتمرير ما يسمى بالمشروع الإسلامى، والأمر تجاوز الصدام التقليدى بين الأديان، فالاعتداء على الكنائس جزء من الأدوات المحققة لهدفهم للنقاء والتطهير العرقى فى مصر ليتحول الأمر إلى تطهير عرقى بمعناه الصريح، على حد قول زاخر. واستشهد زاخر بواقعتين أدتا لتأجيج الفتنة ضد الأقباط والكنيسة مؤخرا والذى أدى لحادثة الاعتداء على الكاتدرائية، أولها: إعلان البابا تواضروس منذ توليه الكرسى البابوى أنه لن يلعب سياسة فأفسد ذلك على الإسلاميين فكرة اختزال الأقباط فى الكنيسة، كما كان فى العصر السابق، ووجدوا أنفسهم أمام الأقباط مباشرة، وكذلك التحرك الإيجابى لمساندة الأقباط لشيخ الأزهر ضد الهجمة الشرسة التى تعرض لها لأنه صمام الأمان للعلاقات الإسلامية المسيحية فى البلد، لذا كان على هذه القوى تأديب الأقباط. وتابع: ما حدث أمام الكاتدرائية خلل من إدارة الداخلية للأزمة أو رسالة للأقباط كشفته حالة التراخى الأمنى وعلى المستوى التنفيذى الردود كانت ضعيفة لم تكن على مستوى الحدث، حتى البيان الصادر عن الرئاسة باهت لم يحتو فى متونه على إدانة صريحة لما حدث فى الكاتدرائية، ولو تم عقد مقارنة بين دور الداخلية فى تأمين مقر جماعة الإخوان المسلمين والكاتدرائية لظهر الفرق جليا فى حين أن حجم الإخوان لا يتناسب مع ثقل الكاتدرائية. وعقب اندلاع ثورة يناير شهدت مصر عدة حوادث طائفية، استغلتها السلطات الحاكمة فى تمرير استبدادها على المصريين سواء كانوا مسلمين أو مسيحيين، ففى 29 يناير 2011 تعرضت كنيسة مارجرجس والعائلة المقدسة بمدينة رفح لاعتداءات مسلحة وعمليات نهب وسرقة وحرق من ملثمين مجهولين. وفى 4 مارس 2011، تم تحويل خلافات بين أسرتين مسيحية وأخرى مسلمة حول علاقة عاطفية بين مسيحى ومسلمة لأعمال عنف طائفى، أدت إلى الاعتداء على كنيسة الشهيدين مار جرجس ومار مينا بقرية صول مركز أطفيح، وفى 8 مارس 2011 دعا عدد من شباب منطقة الزرايب بمنشية ناصر لتنظيم وقفة احتجاجية بجوار طريق الأوتوستراد من ناحية مدخل المقطم اعتراضا على حرق وهدم كنيسة الشهيدين بقرية صول، انتهت بأعمال شغف وعنف بين المتظاهرين وعدد من المسلمين، استخدم فيها الطرفان الطوب والزجاجات والسلاح الأبيض. وأكدت نيابة غرب القاهرة الكلية، أن أحداث منشية ناصر أسفرت عن مقتل 10 مسيحيين و5 مسلمين فضلا عن 114 مصابا من الطرفين. وفى 7 مايو 2001 وقعت أحداث إمبابة التى استمرت 14 ساعة من تبادل إطلاق الأعيرة النارية انتهت بإصابة 200 شخص، فيما بلغ عدد القتلى 10 أشخاص، واللافت أن نصف هذه الحصيلة من الضحايا على الأقل لم يكونوا شركاء فاعلين، فى حملات الكر والفر، وفى 20 سبتمر 2011 حرق وهدم كنيسة الماريناب بأسوان، بعد خلاف حول أحقية إدارة الكنيسة فى إحلال المبنى بالكامل أم إحلال جزئى. وتصادمت قوات الجيش بشكل مباشر مع الأقباط يوم الأربعاء 23 فبراير 2011 على خلفية قيام رهبان دير الأنبا بيشوى بصحراء وادى النطرون ببناء سور على أراضى الدير، بعد ضم حوالى عشرة أفدنة من ممتلكات الدولة، وهى مخالفة يعاقب عليها القانون، وفى يوم 19 مايو 2011، ألقت الشرطة العسكرية القبض على عدد من الشباب المسيحى والمسلم عقب محاولة مسيحيين افتتاح كنيسة السيدة العذراء والأنبا إبرام بعزبة عاطف بعين شمس الغربية، والمغلقة لأسباب أمنية. وفى 5 مارس 2011 بدأ اعتصام ماسبيرو، الذى كان أمام مبنى التلفزيون بالقاهرة للتظاهر من أجل الضغط على الجهات المسئولة للتدخل الفورى تجاه أزمة كنيسة "صول" وفى مساء 12 مارس، وتدخلت الشرطة العسكرية فى حدود الساعة الرابعة صباحا لإنهاء اعتصامهم بالقوة، مستخدمة فى تفريقهم العصى الكهربائية والسلك الشائك، مما أدى إلى إصابة 16 شابا بكدمات وجروح. وجاء اعتصام ماسبيرو الثانى 8 مايو 2011، عقب الاعتداءات على كنيسة السيدة العذراء بإمبابة، حيث دعا اتحاد شباب ماسبيرو لتنظيم اعتصام مفتوح أمام مبنى الإذاعة والتلفزيون بمنطقة ماسبيرو يوم 8 مايو، وذلك للضغط على الحكومة والمجلس العسكرى من أجل القبض على الجناة وتقديمهم للعدالة، وكذلك لفتح الكنائس المغلقة، وتعرض الأقباط المعتصمون مساء السبت 14 مايو لاعتداءات من مسلمين أفادت بعض المصادر بأنهم من المناطق المجاورة، ما أدى لوقوع 78 مصابا طبقا لتصريحات وزارة الصحة، الأمر الذى تكرر فى 30 سبتمبر من العام نفسه حين فضت الشرطة العسكرية اعتصاما جاء احتجاجا على هدم كنيسة المريناب، بعد اندلاع وقائع الاعتداء على كنيسة أمير الشهداء مار جرجس بالمريناب. وجاءت مذبحة ماسبيرو 9 أكتوبر 2011، حيث قامت قوات الجيش بالاعتداء على آلاف المشاركين فى المسيرة السلمية التى انطلقت من منطقة شبرا للتنديد بهدم أجزاء من كنيسة مار جرجس بأسوان، والتى تطورت فيها اعتداءات الشرطة العسكرية من استخدام العصى وإطلاق الرصاص فى الهواء إلى تحرك المدرعات بسرعة بين المتظاهرين، ودهس عدد كبير منهم، انتهاء باستخدام الذخيرة الحية وقنابل الغاز ضد المتظاهرين، فيما أعلنت وزارة الصحة فى اليوم التالى للأحداث أن حالات الوفاة بلغت 24 حالة، توفى بعدها مصاب آخر فيما بعد، 14 منهم دهسوا تحت مدرعات عسكرية وقتل 11 بأعيرة نارية، وبلغ عدد المصابين 329 مصابا. أما محافظة قنا فشهدت فى 14 أبريل 2011 ولمدة عشرة أيام متواصلة حركة احتجاج وعصيان مدنى واسعة عقب إعلان حركة المحافظين الجدد. وأعلنت مجموعات دينية مختلفة وقوى سياسية رفضها تعيين اللواء عماد شحاتة ميخائيل محافظا لقنا بسبب ديانته المسيحية، ودعت هذه المجموعات لتنظيم مظاهرات واعتصامات كبيرة لإجبار المجلس العسكرى على إلغاء القرار وتعيين محافظ آخر مسلم. وفى سبتمبر 2012 تم تهجير عدد من الأقباط فى رفح وعقد المجمع المقدس للكنيسة الأرثوذكسية اجتماعا برئاسة الأنبا باخوميوس القائم مقام البطريرك لبحث أزمة تهجير بعض الأسر المسيحية من رفح بشمال سيناء، بعد التعدى على صاحب محل وتلقى تلك الأسر لتهديدات من عناصر جهادية وتكفيرية بسيناء. فبراير 2012 حدثت فتنة أخرى بقرية شربات بمركز العامرية فى الإسكندرية، وأسفرت عن تهجير 8 أسر قبطية، بسبب تشهير شاب قبطى بسيدة مسلمة، وترويج مقاطع فيديو تظهرها فى مواضع مخلة، وفى أكتوبر 2012 اشتباكات طائفية عنيفة بقرية ماركو التابعة لقرية طلا بالفشن عقب أداء المسيحيين لصلاة قداس الأحد بكنيسة مارجرجس بعزبة ماركو، أسفرت عن إصابة خمسة من المسيحيين من بينهم فتاة. وكانت الأحداث قد وقعت بسبب قيام أهالى عزبة راجى المجاورة لعزبة ماركو والتابعة لقرية طلا بالفشن بأداء الصلاة فى كنيسة عزبة ماركو ومخالفتهم لشروط وضعها رؤوس العائلات من عزبتى ماركو وراجى من المسلمين والأقباط بتنظيم أوقات الصلوات وأعداد المصلين وسيارات نقل الركاب التى تتسبب فى منع المرور بالشارع الضيق الذى تقع به. وفى أكتوبر 2012 فتنة دامية عقب المنشورات التى قام بتوزيعها عدد من أهالى دير مواس وملوى بمحافظة المنيا تحت عنوان "دم المسلم غالى"، للمطالبة بأخذ الثأر من مقتل على حسين الملقب ب"هولاكو"، وإطلاق اسم "شهيد الإسلام" عليه، حيث كان من البلطجية ويفرض إتاوات على الأقباط وقتل عقب مداهمة الأمن لوكره. وأشهر الفتن الطائفية فى عام 2013 فتنة الخصوص بين الأقباط والمسلمين جراء معاكسة شباب لفتاة مسيحية وتطور الأمر لاشتباكات بالأسحلة بين الطرفين أدت لمقتل 4 أقباط ومسلم والعشرات من المصابين. وأثناء تشييع الجثامين الأحد الماضى حدثت اشتباكات دامية بين أقباط ومسلمين أمام الكاتدرائية، واستمرت ليوم كامل أدت لمقتل قبطى وإصابة قرابة 89 آخرين.
