عادت أزمة الأهلي العنيفة مع الاتحاد الأفريقي لكرة القدم إلى السطح مرة أخرى بعد وصوله إلى النهائي لضرب موعد مع الوداد الذي منحه كاف أفضلية اللعب داخل بلاده. وطُرح خيار الانسحاب من النهائي كرد على الكاف بعد تصعيد الأهلي للأزمة إلى المحكمة الرياضية الدولية وفيفا وهو ما أعاد إلى الأذهان أعنف أزمة في الكرة الأفريقية بين بطل القرن والاتحاد القاري انتهت بانتصار الأول . السوبر الأفريقي الأول علامة فارقة ليس فى النادي الأحمر وحسب ولكن امتدت أثرها إلى الكرة الأفريقية ففي 16 يناير بالعاصمة الجنوب أفريقية جوهانسبرج، واجه الزمالك بطل أبطال الدوري الأهلي بطل أبطال الكؤوس في مباراة كأس السوبر الأفريقي، وحسمها الأبيض بهدف أيمن منصور في الدقيقة 87 لتنشب أزمة فما حكايتها؟. قرار قرر مجلس إدارة النادي الأهلي برئاسة صالح سليم، في 10 فبراير 1994، انسحابه من البطولات الأفريقية من وإخطار اتحاد الكرة رسمياً بالقرار . المباراة شهدت احتكاكا بين إداريي الأهلي ومراقب المباراة البتسواني إسماعيل بانجي، واعتراضات حمراء شديدة اللهجة على الحكم الجنوب أفريقي باتروس ماتابيلا. وقرر "الكاف" إيقاف إبراهيم حسن منذ الأول من فبراير 1994 ولمدة عام كامل من المشاركة في كافة المسابقات الأفريقية والفرق القومية لاعتدائه على حكم المباراة، مع الإيقاف مباراتين في بطولات افريقيا للأندية والمنتخبات ضد محمد يوسف لطرده في المباراة بسبب العنف المتعمد مع إيمانويل نجم الزمالك. وقرر الكاف أيضا توجيه انذار نهائي لطارق سليم مدير الكرة بالأهلي والإنجليزي آلان هاريس المدير الفني، لما بدر من الأول تجاه مراقب المباراة وتهديده له، وبسبب ألفاظ الثاني غير المقبولة تجاه القارة الأفريقية والكاف، على أنه سيتخذ الاتحاد الإفريقي عقوبات مشددة ضدهما في حال تكرار مثل هذا السلوك. انسحاب وعقوبات ورد الأهلي على الكاف وقرر مجلس إدارته بالإجماع عدم المشاركة في البطولات الإفريقية للأندية لأجل غير مسمى في اجتماع شهد حضور جميع أعضاء مجلس الإدارة وعلى رأسهم صالح سليم ومصطفى فهمي عضو الأهلي المعين وسكرتير عام الاتحاد الإفريقي فيما غاب المستشار عبد المجيد محمود، واللواء محرم الراغب. الاتحاد الأفريقي لكرة القدم، مع تصعيد الأهلي بانسحابه، قرر إيقاف الأهلي 3 سنوات المشاركات الأفريقية وأبلغ عقوباته إلى الاتحاد الدولي، الذي أعلن تنفيذ العقوبات محليا وقاريا ودوليا، ليتقدم اتحاد الكرة بالتماس للفيفا لتخفيف عقوبة إبراهيم حسن والسماح له باللعب محليا مع ناديه، والاكتفاء بالإيقاف الدولي نظام وتغيير شامل وقال صالح سليم في تصريحات صحفية أن قرار مقاطعة البطولات ليس فقط لأحداث مباراة سوبر ولكن للخسائر التى يتكبدها النادي الأحمر فى السفر والإقامة والمكافآت دون أن تكون للبطولة عائد مادي. ولم يشارك الأهلي في البطولات الأفريقية في الفترة من 1995 حتى 1998 وأثناء فترة إيقاف الأهلي أجرى الكاف تغييرا شاملاً على بطولات أفريقية كأس الأندية أبطال الدورى إلى دورى أبطال افريقيا مع وضع نظام جديد للبطولة وجوائز مالية تقترب من ال 2 مليون دولار منها 750 ألف دولار. اجتماع القرن وقال عدلي القيعي مستشار رئيس لجنة التعاقدات ومدير عام النادي الأهلي السابق في تصريحات عام 2018 حول العودة " العودة لبطولات أفريقيا كان الهدف منها تصنيفنا أفريقيا في المنافسة على لقب نادي القرن، الأولوية لم تكن للبطولات الأفريقية ولكن فقط الهدف كان النقاط وحرمان المنافس من النقاط". وأضاف القيعي " عقدنا اجتماعاً لمجلس الإدارة ونبهت المجلس لقضية نادي القرن". مصطفي مراد فهمي عضو مجلس الأهلي الأسبق المعين وسكرتير عام الاتحاد الأفريقي الأسبق ونائب رئيس شركة الأهلي لكرة القدم قال فى تصريحات تيلفزيونية أيضاً في 2017 إنه نبه مجلس إدارة الأحمر لهذه القضية مما ساهم في العودة أفريقيا". عودة عاد الأهلي للاشتراك في بطولات أفريقيا عام 1998 بعد النصيحة، خشية ضياع لقب نادي القرن في حالة الاستمرار في المقاطعة. واتخذ مجلس إدارة الأهلي، بقيادة صالح سليم، قراراً تاريخياً في وقتها بالعودة للمشاركة ببطولة دوري أبطال إفريقيا بشكلها الجديد، مع الالتزام بالمشاركة بكأس النخبة العربية التي توجه إليها الأحمر في ظل ابتعاده عن الساحة الإفريقية. ووقع الأهلي في دور ال32 مع دوري الأبطال في طريق البن الإثيوبي، ووافق على المشاركة بكأس النخبة بتونس مع المولودية الجزائري والشباب السعودي والإفريقي التونسي. اعتقال حكم الأزمة انتصار الأهلي لم يتوقف على الفوز بلقب نادي القرن وتعديل الكاف لبطولاته للأندية بل أمتد للحكم الجنوب أفريقي الخصم الأول للأحمر حيث تم اعتقاله في يونيو 2004 ضمن سلسلة اعتقالات لعدد من الحكام والمسئولين المتورطين في فضيحة فساد وبيع مباريات في جنوب أفريقيا. وقالت الشرطة الجنوب أفريقية في تصريحات نقلتها وكالة رويترز اعتقلت مسؤول الذي لم تكشف الشرطة عن اسمه لعب دورا رئيسيا في تعيين حكام فاسدين لادارة مباريات مهمة والحصول على اموال من الاندية نيابة عن الحكام من بينهم بيتروس ماتابيلا .
