لم يكن غريبا أن تكون الداخلية فى مقدمة الوزارات التى بدأت الجماعة محاولات أخونتها بهدف إحكام قبضتها على مصر المحروسة والقضاء على المعارضة بالقوة، فأطلق قياديون فيها تصريحات عديدة تطالب بإعادة هيكلتها وإدخال عناصر مدنية ضمن قيادتها الوزارة، غير أن هذه المحاولات قوبلت برفض حاسم من كل قطاعات الشرطة، لكن اليأس لم يعرف طريقه إلى الجماعة، فاتجهت إلى إبعاد قيادات بعينها من مناصبها وتعيين ضباط موالين للجماعة أو على صلة بها بشكل أو بآخر، وهذا الإجراء نجح إلى حد ما، ولكنه لم يحقق الهدف بالشكل المرضى. قيادات الإخوان رأوا أن السيطرة على وزارة الداخلية بشكل طبيعى وقانونى ولا يثير الانتقادات، يكمن فى إلحاق أكبر عدد من أبنائهم بكلية الشرطة، واستغلوا نفوذهم وألغوا شرط التحريات السياسية من شروط القبول بالكلية، وبالفعل نجحت الجماعة فى إلحاق أكثر من 530 طالبا بأكاديمية الشرطة على دفعتين؛ الأولى كانت فى دفعة أغسطس 2011 وفيها تم إلحاق 130 طالبا من أبناء قيادات وكوادر الجماعة بالشرطة، والثانية كانت فى دفعة أغسطس 2012، وكان العدد فيها أكبر إذ تخطى 400 طالب. غير أن إطاحة الشعب عبر ثورة 30 يونيو بنظام الرئيس مرسى وجماعته بما وأد مشروع "أخونة" الدولة إلى الأبد، استدعى ضرورة مراجعة موقف طلاب الإخوان فى كلية الشرطة، والنظر فيما هو أنسب بين استكمالهم دراستهم فيها على اعتبار أنهم التحقوا بها وفق شروط كانت تنطبق عليهم، وبين إخراجهم من الكلية وتحويلهم إلى كلية أخرى. مصدر أمنى أكد ل "فيتو" أن وزارة الداخلية تجرى حاليا مراجعة لطلاب الإخوان فى كلية الشرطة، وتفحص حالة كل طالب على حدة، لتحديد مدى انتمائه لجماعة الإخوان، فإذا كان على استعداد للتخلى عن أفكار الجماعة والتبرؤ من قسم الولاء والطاعة لمرشدها، على أن يقتصر قسمه على الولاء فقط لمصر وشعبها، وتأكد الأجهزة المختصة من ذلك، يمكن له الاستمرار فى دراسته مع وضعه تحت المراقبة والمتابعة الدقيقة حتى بعد التخرج، أما الطلاب الذين يرفضون الانفصال عن الجماعة، تطلب الكلية منهم التقدم باستقالاتهم، ويتم تحويلهم إلى السنة المناظرة فى كلية الحقوق.
