تتراكم الملفات أمام الدكتور محمد مختار جمعة وزير الأوقاف، للفصل فيها، وعلى رأس هذه الملفات، العمالة الوهمية بالأوقاف، والتي تتسبب في خسارة تقدر بعشرات الملايين من الجنيهات سنويا، والتي أزاح عنها الستار الدكتور طلعت عفيفى وزير الأوقاف السابق، والذي أكد أنها تستنزف أموال الوزارة بشكل كبير. فضلا عن ملف ضم المساجد إلى الأوقاف، والذي مازال يشوبه فساد كبير، حيث يتم ضم مساجد غير موجودة من الأساس، وتسكين عمال عليها، وتعيينهم بالأوقاف، الأمر الذي دفع بالوزارة إلى إحالة ملف التعيينات إلى النيابة الإدارية للتحقيق فيه لمعرفة أصحاب الحق في التعيين من عدمه. كما يأتى ملف "كادر الدعاة" من أبرز الملفات الملقاة على عاتق الوزير الجديد؛ وهو الملف الذي طالما طالبت به النقابات والحركات الدعوية، والذي يوفر للإمام حقوقه المادية والصحية، فضلا على نقابة الأئمة والدعاة، التي يسعى الأئمة إلى تشكيها لتكون المتحدث باسمهم وتعبر عنهم في مختلف القضايا والمواقف. ولعل من أهم الملفات أيضا استعادة أملاك الأوقاف، التي تم الاعتداء عليها من قبل الخارجين على القانون؛ ومسابقة الأئمة الجدد والتي يطالب عشرات الأئمة، بإلغاء نتيجتها، بسبب زعمهم أن النتائج بها أخطاء.