شن عدد من نشطاء المذهب الشيعى هجوما حادا على الأزهر الشريف بسبب تأسيس لجنة لمواجهة التشيع فى مصر وأكدوا أن تأسيس تلك اللجنة سقطة فى حق الأزهر مؤشيرين الى أن هناك ضغوط من دول عربية معادية للشيعة هى السبب فى التفكير فى تأسيس لجنة مواجهة التشيع. من جانبه أعلن بهاء أنور محمد - المتحدث الرسمي بإسم الشيعة المصريين - عن أسفه الشديد لما وصل إليه حال الأزهر الشريف ، وما أعلنه من تشكيل أول لجنة لمواجهة التشيع في مصر، في حين أننا كنا ننتظر لجنة لمواجهة المد الوهابي و المد التكفيري في سيناء و الذي ما أن يرفع راياته في أي بلد حتى يحل بها الخراب والدمار كما حدث في الصومال و أفغانستان و السودان و نصف مليون شهيد بالجزائر. وقال "أنور" :"الشيعة في مصر كانوا يأملون من الأزهر تشكيل لجنة لمواجهة الطائفية و العنصرية و لجنة لإعلاء قيم التسامح و المحبة ، فكثيرون هم من يدعون إلى العنف و قلة واعية هي من تدعوا إلى الإخاء و المحبة و التسامح". وأكدأ ن تشكيل لجنة مواجهة الشيعة يدل و بما لا يدع مجالا للشك على تزايد أعداد معتنقي المذهب الشيعي في مصر، و هو ما أثار حفيظة بعض الدول و المؤسسات و التي ضغطت بطرفها على الأزهر الشريف لكي يشكل مثل هذه اللجنة ، و لكي يتخلى عن وسطيته و حياده و ينجر إلى صراعات مذهبية و طائفية طالما كان طرفا محايدا فيها. وحذر أنور من إستهداف الأزهر من القوى الظلامية و الوهابية التي تحاول بكل ما أوتيت من قوة إختراق الأزهر و إضعافه و هو الحصن الأخير للإسلام السني المعتدل ، و مؤكداً في النهاية إحترامنا الكامل لشيوخ الأزهر و لجنة كبار العلماء الأجلاء ، و أن هذه اللجنة التي تسمى لجنة مواجهة الشيعة لا تمثل مبادئ الأزهر الشريف و سماحة و وسطيته و إنما هي نتيجة ضغوط يتعرض لها الأزهر الشريف... حفظ الله مصر و حفظ الله الأزهر منارة و مرجعا لكل المصريين. وأكد محمود جابر الأمين العام لحزب التحرير أن لجنة الأزهر لمواجهه الشيعة في مصر ؛ تعد لجنة ساقطة ومن قام بتدشينها لا يحب الأزهر ولا يعرف قيمته ، فالأزهر لم يكن مؤسسة مذهبية قط ، ولكنه كان مدرسة لكل المسلمين وكان يقف علي مسافة واحدة من كل المذاهب ، وأنه منذ تأسس لم يكن يوما ً ذا طابع مذهبي لا علي المستوي الفقهي أو العقيدي ، بل منارة يحتفي كل المسلمين به من الشمال إلي الجنوب ومن الشرق إلي الغرب . وأشار جابر إلي أن هذه المسألة يراد بها تدنيس الأزهر وأن يكون طرفا في نزاع مذهبي في مخيلة عملاء الأمريكين ، الذين يريدون تحطيم الأزهر ويريدون للأزهر أن يكون ذليلا ، فهذا مخطط لأنتقام من الأزهر .