وجه أعضاء هيئة الدفاع عن متهمي القضية المعروفة إعلاميًا ب"أحداث السفارة الأمريكية الثانية"، اتهامًا إلى شاهد الإثبات بالدعوى محمد السيد أحمد، بانتهاج الخصومة الفكرية والعقائدية ضد تنظيم جماعة الإخوان. وفي ذلك السياق، طلب الدفاع من هيئة المحكمة التي تنظر القضية، برئاسة المستشار محمد ناجي شحاتة، مساءلة الشاهد إذا ما كان يحمل ضغائن ضد جماعة الإخوان من عدمه، ليجيب الشاهد قائلًا: أنا مختلف مع جماعة الإخوان فكريًا، ولست خصمًا لهم في الوقت ذاته، لتطلب المحكمة من الدفاع الحديث عن وقائع الدعوى، وعدم التطرق إلى أحاديث فرعية. وأسندت النيابة إلى المتهمين عددًا من الاتهامات، من بينها: التجمهر وتعريض السلم العام للخطر، وارتكاب جرائم القتل العمد للمجني عليه عمرو عيد عبد النبي وإصابة الكثيرين، والإتلاف العمدي وتخريب مبان مخصصة للنفع العام وتعطيل القوانين، علاوة على حيازتهم الأسلحة واستعراض القوة وإرهاب المواطنين.