استعجل فريق النيابة العامة المكلف بمباشرة التحقيقات فى حادث هجوم المنيا الإرهابي، تقارير الطب الشرعى والمعمل الجنائى عن الواقعة، وذلك بعد ان انتهى الفريق من الاستماع لاقوال المصابين والناجين من الحادث واجراء المعاينة التصويرية. وكشفت المعاينة التصويرية للنيابة عن العثور على مئات فوارغ الطلقات، وأمرت النيابة بالتحفظ عليها وإرسالها إلى مصلحة الأدلة الجنائية لفحصها من الناحية الفنية والكشف عن أنواع الأسلحة المستخدمة فى الحادث كما أمرت النيابة بالتحفظ على الطلقات والشظايا التى تم استخراجها من أجساد الشهداء والمصابين. وعثر محققو النيابة خلال المعاينة على سيارة متفحمة على مسافة 200 متر من الحافلة التي استهدفها الإرهابيون، وتبين أنها تحمل كميات من الأسلحة النارية الآلية أمرت النيابة العامة بالتحفظ عليها وعلى الأسلحة التي بداخلها، ورفع البصمات من موقع الحادث وكلفت النيابة العامة جهاز الأمن الوطنى، بإجراء التحريات اللازمة للتوصل إلى العناصر الإرهابية المنفذة للحادث الإرهابية والمشاركين فيه وتحديد دور كل منهم وسرعة القبض عليهم. وتوصل محققو النيابة إلى طريقة وقوع الحادث والطرق التى سلكها الإرهابيين أثناء الفرار وذلك عقب استعراض المصابون بالتحقيقات كيفية وقوع الحادث حيث أكدوا إن سيارتين قامتا باعتراض الحافلة التي كانت تقل المجني عليهم وأن السيارتين كانتا تقل 6 أشخاص ملثمين، صعد منهم إثنان إلى داخل الحافلة ثم قاما بأخذ متعلقات المجني عليهم تحت تهديد السلاح أعقبها قيام الإرهابيين بإطلاق النيران على المجني عليهم داخل الحافلة. وأدلى عدد من الناجين من الهجوم الإرهابي بأوصاف الجناة وطريقة الاعتداء عليهم وأكدوا أن الإرهابيين ارتدوا ملابس مدنية عبارة عن "قمصان" و"بنطلونات"، وأحذية بيضاء طويلة، وأكد أحد الناجين أن الإرهابين وزعوا على الشهداء كتيبًا صغيرًا عن الجهاد وطالبوهم بنطق الشهادة فرفضوا فقاموا بقتل جميع الرجال وبعض النساء والشباب والأطفال ثم نهبوا متعلقات السيدات من الذهب والفضة والأموال والهواتف المحمولة وتركوهم وهربوا إلى الصحراء".
