كشفت أوراق قضية خلية اغتيال النائب العام المستشار هشام بركات والتي باشرتها نيابة أمن الدولة العليا، برئاسة المستشار تامر الفرجاني، المحامي العام الأول على مدار 320 يومًا عن بعض المفاجآت حول خطة جماعة الإخوان لتصعيد موجة الإرهاب في البلاد. كما كشفت أوراق القضة عن أسرار المؤامرة الكبرى للإضرار بالمركز السياسي للبلاد عن طريق استهداف البعثات الدبلوماسية والسفارات الأجنبية، وعدد من المنشآت الحيوية، والتخطيط لاغتيال عدد من القادة العسكريين، وسفير إحدى الدول الأجنبية، وإعلامي شهير. وذكرت التحقيقات في القضية المتورط فيها 67 متهمًا من بينهم 51 من قادة جماعة الإخوان، وضعوا مخططًا لاغتيال النائب العام، حيث استعانوا بعناصر من حركة حماس وفي مقدمتهم "أبو عمر" ضابط المخابرات بالحركة، والقيادي "أبو عبد الله". وتبين أن قيادات الجماعة محمد جمال حشمت، وقدري محمد فهمي، وأحمد محمد عبد الرحمن، ومحمود محمد فتحي، وكارم السيد أحمد إبراهيم، ويحيى إبراهيم موسى، أشرفوا على وضع المخطط الذي استهدف النائب العام. وأشارت التحقيقات إلى قيادات بجماعة الإخوان، أصدروا بعض الفتاوى لأعضاء الجماعة باستباحة دم النائب العام تحت زعم قاعدة شرعية تسمى "دفع الصائل"، بزعم أنه أصدر أمر فض اعتصامي رابعة العدوية والنهضة، وأنه المسؤول عن القتلى والمصابين. وارتكز مخطط اغتيال النائب العام الراحل على محورين، الأول في إصدار التكليفات لقيادات الجماعة بالداخل باختيار عناصر لرصد مسكن النائب العام وموكبه وخطوط سيره والتأمين، والثاني يتمثل في الاتفاق مع عناصر حركة حماس على تحديد طريقة التنفيذ، والإشراف على العناصر التي ستنفذه. وبحسب التحقيقات، تولى كل من، أحمد محمد طه وهدان، وأحمد جمال محمود حجازي، وأحمد محمد هيثم الدجوي، وعبد الرحمن سليمان محمد كحوش، ومعاذ حسين عبد المؤمن، رصد مسكن النائب العام، وتحديد مواعيد تحركاته، والسيارة التي يستقلها، وأوجه تأمينها، ونقلوا تلك المعلومات لقادة الجماعة. وتابعت التحقيقات: "ما أن تأكدوا من إمكانية استهداف السيارة حتى حددوا مع حركة حماس طريقة الاستهداف بعبوة مفرقعة توضع بسيارة تستهدفه حال تحركه من مسكنه". وتبين من التحقيقات صدور تكليفات من قادة الجماعة إلى محمود الأحمدي عبد الرحمن، الذي صنع العبوة الناسفة المستخدمة في عملية الاغتيال، وأبو القاسم علي أحمد يوسف، الذي تولى شراء سيارة لوضع العبوة الناسفة فيها بمسرح العملية. وكشفت التحقيقات قيادة المتهم أحمد طه وهدان، نجل القائم بأعمال المرشد، للمجموعة المتورطة في تنفيذ عملية استهداف موكب النائب العام الراحل بمصر الجديدة، وضمت في عضويتها عناصر تابعة للجان العمليات النوعية بالمحافظات المختلفة، تفاديًا للرصد الأمني.
وأوضحت التحقيقات، تورط رئيس حزب الفضيلة المهندس محمود فتحي بدر - المتواجد بتركيا – في دعم وتأسيس المجموعة المنفذة للعملية، إضافة إلى تورطه في عدة وقائع إرهابية، شهدتها البلاد منذ عزل الرئيس الأسبق محمد مرسي، حيث أنه أول من دعا لتشكيل الميليشيات المسلحة لإسقاط الدولة. وفي وقت سابق، أعلنت حركة "مجهولون" التخريبية، أنه تولى منصب المنسق العام لتحالف يضم عددًا من الحركات المسلحة، واتفقت قيادات بجماعة الإخوان مع محمود فتحي، أحد أخطر حلفائها السلفيين، على تأسيس حركات وخلايا تخريبية بأسماء متعددة؛ لتنفيذ العمليات الإرهابية والتكليفات الواردة إليهم من القيادات الهاربة خارج البلاد.