كشف الرئيس عبد الفتاح السيسى، عن أن بعض السلفيين وغيرهم من الإخوان أحرقوا كنائس في أعقاب 30 يونيو 2013، مؤكدًا أن الاعتداء على الإخوة الأقباط أمر غير مقبول. وأضاف في حواره مع صحيفة «لوفيجارو» الفرنسية: «لا يمكن أن يتخيَّل أحد أنهم يفعلون ذلك باسم الدين الإسلامى أو باسم أى دين آخر»، مشددًا على أن الإسلام الصحيح يوصى خيرًا بالمسيحيين، حيث قال «منذ 30 يونيو والمسيحيون مصريون كاملو المواطنة وعليهم نفس الواجبات ولهم نفس الحقوق مثل المسلمين». وأوضح الرئيس أن الدستور الجديد الذى تم اعتماده فى استفتاء يناير 2014 يضمن للأقباط حق ممارسة شعائر دينهم بكل حرية، ولن يتم التساهل أبدًا مع أى اعتداء على الكنائس أو أى شكل من أشكال العنف، مستطردا «نريد بناء مصرنا الجديدة فى إطار من مبادئنا العريقة من التسامح وتطلعات الشباب إلى الحداثة، أما الرجعيون الذين يريدون تدمير هذه الروح الجديدة من الوفاق والحداثة فليس لهم مكان عندنا».