عبرت الحكومة الليبية المؤقتة عن استنكارها ورفضها لما وصفته بخرق طائرة شحن سودانية للمجال الجوي الليبي، ونقلها ذخائر لم تطلبها الحكومة الليبية ولم تكن على علم بها؛ لدعم الميليشيات الإسلامية المتصارعة مع الحكومة الليبية والبرلمان المنتخب. ووصفت الحكومة الليبية ذلك بأنه خرق للسيادة الوطنية، لافتة إلى أن الشحنة تبين أنها كانت متجهة إلى قاعدة معيتيقة في العاصمة طرابلس، وأن الطائرة السودانية هبطت في مطار الكفرة للتزود بالوقود وعند تفتيشها عثر على شحنة من الذخائر. واتهم بيان الحكومة الخرطوم "بالتدخل في الشؤون الداخلية الليبية وبدعم جماعات إرهابية تعتدي على مقدرات الدولة، ما يعد مخالفة صريحة للقرارات الدولية، وآخرها قرار مجلس الأمن بحظر توريد الأسلحة إلى ليبيا". واتخذت الحكومة كذلك قرارا بطرد الملحق العسكري السوداني من البلاد؛ لدوره البارز في عملية نقل الأسلحة تلك. إلا أن المتحدث باسم الجيش السوداني، الصوارمي خالد سعد، نفى تقديم أي شكل من أشكال الدعم لأي طرف من الأطراف المسلحة في ليبيا، وقال إن الطائرة التي حطت في ليبيا كانت تحمل معدات للقوات السودانية الليبية المشتركة.