كشفت منظمات حقوق الإنسان في تقاريرها النهائية حول أعمال المراقبة الإنتخابية لجولة الإعادة بالمرحلة الثانية من الإنتخابات، عن وقوع عدد كبير من الإنتهاكات التي لم تشهدها المرحلة المرحلة الأولى، وكان الغالب على المرحلة الثانية هو وقوع اشتباكات بين أنصار الأحزاب والمرشحين، حيث كانت تتدخل قوات الجيش لفضها قبل إندلاعها، واستمرار الدعاية الإنتخابية أثناء التصويت إختراقا لفترة الصمت الإنتخابي، وظاهرة جديدة هي التصويت بدون بطاقة الرقم القومي. فقد رصدت المؤسسات الحقوقية التي تراقب الإنتخابات ومنها مؤسسة عالم واحد للتنمية وحقوق الإنسان والنقيب للتدريب ودعم الديمقراطية، عدد من التجاوزات وكان أغلبها المشاجرات والتي أغلبها بين أنصار حزب الحرية والعدالة مع أنصار حزب النور، كما رصدت الحملة الوطنية لمراقبة الإنتخابات بالنقيب مشاجرة بين الحزبين في بنى سويف وفضها الجيش بقراء القرآن الكريم، والتصويت بدون بطاقة رقم قومي كما رصدت عالم واحد فى نهاية اليوم الثانى للإعادة، الغلق المؤقت للجان يتكرر مع كل صلاة. وكانت الظاهرة الأبرز خلال المرحلة الثانية هى استمرار الدعاية الإنتخابية المحظورة وكما رصدت مؤسسة النقيب فأنها تكررت في اليوم الثاني فقط بواقع 1298 مرة من جميع المرشحين في جميع المحافظات بالإضافة للدعاية الدينية المحظورة والمعاقب عليها قانونا، وكان أبرزها لحزبي النور والحرية والعدالة فى أسوان. كذلك لم تقوم اللجنة العليا للإنتخابات بإدراج كشوف الناخبين فى 821 مقر إنتخابي من لجان المرحلة الثانية، كما شهدت جولة الإعادة في المرحلة الثانية إنتهاك لم يكون متكررا كثيرا في المرحلة الأولى، وهو منع مراقبي مؤسسات المجتمع المدني من القيام بمهامهم، ليس فلقط على يد قوات الجيش والشرطة لكن أيضا على يد أنصار الأحزاب والمرشحين. وشهدت أيضا غلق اللجان قبل الميعاد المحدد لها، ووجود تسويد للبطاقات والرشاوى الإنتخابية أكثر مما حدث في المرحلة الأولى. وتتبقى المرحلة الثالثة من الإنتخابات التى تثير تساؤلات عدة، هل ستستمر إدارة الإنتخابات من قبل اللجنة العليا بنفس الطريقة؟ وهل ستحدث التجاوازت والإنتهاكات التي تم إرتكابها في المرحلة الأولى والثانية ولم تتخذ حيالها اللجنة العليا أى إجراء قانوني؟.
