في محاولة من شركة مصر للطيران لإنقاذ سمعتها ووقف الخسائر المترتبة على الاتهامات الموجهة إليها والتي قد تترك آثارها السلبية على وضعها الإقتصادي وسمعتها، نشرت مصر للطيران إعلاناً مدفوع الأجر طالبت فيه وسائل الإعلام بتحري الدقة في نشر بيانات مغلوطة ومضللة وعرضها بطرق ملتوية للإيحاء بصحتها. وأكدت الشركة في بيانها أنها على استعداد تام لعرض كافة الحقائق والمستندات الدالة على صحة موقفها. أكد البيان أن نشر المعلومات المغلوطة سيؤثر سلباً على أداء العاملين بها، وكذلك على ثقة العملاء المتعاملين معها على مستوى العالم وهو ما يقلّل من إنتاجها وعوائدها التي تصب في الناتج القومي للبلاد، وطالبت الإعلاميين بالإلتزام بميثاق الشرف الإعلامي من أجل الحفاظ على الشركة التي تقدّم للإقتصاد القومي أكثر من 15 مليار جنيه معظمها من العملة الصعبة، ويعمل بها ما يزيد عن 31 ألف موظف، كما جاء في موقع نقودى كوم". تواجه شركة مصر للطيران اتهامات بالفساد، كما أن بعض العاملين فيها قاموا بمظاهرات لتحقيق مطالبهم الخاصة، حيث كان من أهم طلبات المضيفات السماح لهن بارتداء الحجاب في أثناء الرحلات حيث أن مصر للطيران تمنع المضيفات من ذلك وهو ما لا يحدث في دول علمانية مثل تركيا التي تسمح للمضيفات المسلمات بارتدائه، كما أن السعودية تفرض الحجاب على شركات طيرانها للمسلمات والمسيحيات على حد سواء. وأشارت المضيفات إلى أنهن سبق وأن لجأن للفريق أحمد شفيق ولكنه لم يهتم بتلبية طلبهن وقام برفضه وهو ما تكرر مع إبراهيم مناع وزير الطيران المدني والذي كان يعمل سابقاً رئيساً لشركة مصر للطيران، واتهم العاملون في مصر للطيران أحمد شفيق وإبراهيم مناع بالفساد وإهدار الأموال العامة ودلّلوا على ذلك بعدم تشغيل ممرين بمطار القاهرة كلّفا مليارات الجنيهات بحجة أن مسار الطيارات التي ستقلع منهما ستمر قريباً من قصر الرئاسة مما قد يؤدي إلى إزعاج الرئيس السابق، الأمر الذي يعد إهداراً للمال العام. كما طالت الاتهامات أحمد شفيق على ضوء تقارير الجهاز المركزي للمحاسبات عن وقائع فساد وتجاوزات فى قطاع الطيران المدني أيام عمله كوزير بها، وتتضمن الاتهامات مخالفات تتعلق بإهدار المال العام والقصور فى الأداء وغياب الرقابة والتهرب الضريبي، ومنها شراء منتجات من الخارج بأسعار مرتفعة للغاية عن قيمة الشراء المحلي والاقتراض من بنوك خاصة. وخصت التقارير بالاتهامات الشركة القابضة لمصر للطيران والشركات التابعة لها، وهى مصر للطيران، ومصر للطيران للخطوط الجوية، ومصر للطيران للخدمات الجوية، ومصر للطيران للشحن الجوي، ومصر للطيران للصيانة والأعمال الفنية، ومصر للطيران للسياحة، ومصر للطيران للصناعات المكملة، ومصر للطيران للخدمات الأرضية، ومصر للطيران للخطوط الداخلية. وأشار تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات إلى أن مخالفات مصر للطيران تسببت فى خسائر منها 73 مليون جنيه فى إحدى الشركات المشتركة مع الغير، بجانب غياب الرقابة وقصور الأداء فى الوحدات المملوكة للشركة والتهرب من دفع الضرائب للدولة.
