وصلت الصراعات والانشقاقات إلي ذروتها داخل صفوف الجماعة الإسلامية بعد إعلان د. ناجح إبراهيم عضو مجلس شوري الجماعة تأييده لاتفاقية كامب ديفيد في مقال نشره علي موقع الجماعة، وهي المبادرة التي حظيت بموافقة عدد من أعضاء مجلس شوري الجماعة باستثناء عبود وطارق الزمر المسجونين في قضية اغتيال السادات. وربما كانت بداية الصراعات التي يحاول قادة الجماعة نفيها وتصدير فكرة ثبات موقفها واتفاق اعضائها علي ما صدر من تحولات فكرية في 5 يوليو 1997، مقال ناجح والمعنون ب «كامب ديفيد في فكر داعية في شبابه وشيخوخته» أثار غضب شباب الجماعة وشنوا بسببه هجوما علي ناجح ومن أيده من أعضاء مجلس شوري الجماعة، رغم تأكيد ناجح ومؤيديه بأن آراءهم شخصية.. الشباب اعتبروا ناجح مرتدا علي أفكار وثوابت الجماعة التي تنص علي «حتمية الجهاد»، واعتبار إسرائيل جماعة صهيونية يجب محاربتها مؤكدين أنهم تعلموا علي يد ناجح إبراهيم نفسه أن الجهاد «فرض عين» لتحرير فلسطين، ووصفوا هذا الرأي بأنه شاذ إسلاميا وغير شرعي، وافقد الجماعة مشروعها ووجودها الإسلامي. ورغم محاولات ناجح إبراهيم التأكيد علي أن ما نشره ما هو إلا رأيه الشخصي إلا أنه، ساعد تأييد أعضاء مجلس شوري الجماعة المكون من 10 أشخاص لرأي ناجح علي تأجيج الصراع داخل الجماعة، فقد أعلن كل من عصام دربالة وعاصم عبدالماجد وفؤاد الدواليبي وأسامة حافظ وكرم زهدي تأييدهم للنتيجة التي توصل إليها ناجح وخطأ الجماعة في معارضة الاتفاقية وقتل السادات وقالوا إن اتفاقية كامب ديفيد كانت أنسب الحلول وقتها لحل الصراع العربي الإسرائيلي، الأمر الذي جعل الخلافات داخل الجماعة تصل إلي مستوي لم تعرفه طوال تاريخها الممتد لأكثر من 40 عاما، حيث أعلن عبود الزمر وطارق الزمر عضوا مجلس شوري الجماعة المسجونان علي ذمة قضية اغتيال السادات عزمهما شن هجوم عنيف علي أعضاء مجلس شوري الجماعة بزعامة كرم زهدي وناجح إبراهيم لتنقسم الجماعة إلي جبهتين جبهة يتزعمها ناجح إبراهيم وجبهة يتزعمها عبود وطارق الزمر من خلف القضبان اللذان أعلنا أن ناجح يدير الجماعة بتوجهات أمنية مما أفقدها مصداقيتها ومشروعيتها. وأعلن شباب الجماعة انضمامهم علي الفور إلي جهبة عبود وطارق الزمر، معلنين إمارة عبود للجماعة الإسلامية خلفا للدكتور كرم زهدي الأمير الحالي إلا أن عبود وطارق أعلنا عن تفكيرهما في ترك الجماعة الإسلامية والعودة إلي تنظيمهم اللذان أسساه في نهاية السبعينيات وهو تنظيم الجهاد، الأمر الذي جعل ناجح وآخرين في مجلس شوري الجماعة يقومون بعدة محاولات خلال الأسبوع المنقضي لاقناعهما بعدم ترك الجماعة، الصراع يمثله 3 جبهات هي جبهة ناجح إبراهيم وجبهة عبود الزمر وجبهة شباب الجماعة إضافة إلي جبهة الجماعة بالخارج التي اصطدمت مع جبهة ناجح وشن أسامة رشدي المقيم في لندن ورئيس جبهة انقاذ مصر، ومحمد شوقي الإسلامبولي أحد أعضاء الجماعة الهارب خارج مصر، والمنضم مؤخرا إلي تنظيم القاعدة ومحمد خليل الحكايمة أحد أعضاء الجماعة السابقين والمنضم إلي تنظيم القاعدة حاليا، وهاني السباعي أحد أعضاء الجماعة خارج مصر - هجوما عنيفا علي تأييد ناجح لاتفاقية كامب ديفيد ووصفوه بأنه ينفذ أجندة أمنية لصالح النظام، وانضم إلي تلك الجهبة عبدالآخر حماد الذي انهي لجوءه السياسي العام الماضي في ألمانيا وعاد إلي القاهرة ورغم ذلك لم يتم ضمه لمجلس الشوري رغم أنه كان صاحب مكانة تنظيمية أعلي من أعضاء مجلس الشوري الحالي حيث تولي إمارة الجماعة من قبل.