أنكر متهمى لجان العمليات المتقدمة الأتهامات أمام محكمة جنايات القاهرة، والتى تلاها ممثل النيابة العامة فى أمر إحالة محاكمة المتهمين في "لجان العمليا ت المتقدمة ". وجاء بأمر الإحالة، أنهم في غضون الفترة من مطلع عام 2014 وحتي 28 مارس 2016 بمحافظة القاهرة، قام المتهمون من الاول وحتي الثالث بتولي قيادة في جماعة أسست علي خلاف أحكام القانون، الغرض منها الدعوة الي تعطيل أحكام الدستور والقوانين، ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها، والأعتداء علي الحرية الشخصية للمواطنين والحريات والحقوق العامة التي كلفها الدستور والقانون، والاضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي، بأن أسسوا لجان عمليات نوعية تابعة لجماعة الاخوان الأرهابية والتي تهدف لتغير نظام الحكم بالقوة والأعتداء علي أفراد ومنشآت الشرطة والمنشآت العامة والخاصة، وكان الإرهاب من الوسائل التي تستخدمها هذة الجماعة في تحقيق أغراضها علي النحو المبين بالتحقيقات. وطلب ممثل النيابة تطبيق بنود الإتهام الوارد بأمر الإحالة، وسألت المحكمة المتهمين عن رأيهم في الإتهامات، لينكروها قائلين "محصلش"، وأُسندت للمتهمين فى القضية التى تحمل رقم 570 لسنة 2015 حصر أمن دولة عليا، إرتكاب جرائم الأنضمام لجماعة أسست على خلاف أحكام القانون، تدعو لتعطيل الدستور ومنع مؤسسات الدولة من ممارسة أعمالها، وحيازة أسلحة ومفرقعات، وتخريب الممتلكات العامة والخاصة، وأغتيال عدد من رجال الجيش والشرطة.