كان لقلم S Pen مشكلة ثانوية مع هاتف جالاكسي نوت5، وهي أنه في حالة إدخال الهاتف بطريقة خاطئة فإن الهاتف مهدد بالتلف، ولكن الآن مع الجيل الجديد وهو جالاكسي نوت 7 فهناك مشكلة جديدة تواجهه بسبب القلم الذكي. وفي عدد من مقاطع الفيديو المصورة، توضح مشكلة في هاتف جالاكسي نوت7 وهي عدم إمكانية إخراج القلم من موضعه بشكل سريع، حيث يعاني القلم الذكي من التعليق ولمرات متتالية دون وجود طريقة أخرى لإخراج القلم من موضعه.